寫在前面 其實很多作者已經(jīng)探索的差不多了，相關(guān)腳本、教程也很多，但我還是自己系統(tǒng)的總結(jié)一下吧。有時候感覺是浪費時間，但是在寫的時候能發(fā)現(xiàn)并學(xué)習(xí)到很多新的知識，不斷記錄反思，也...
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生信 | ATAC-Seq基礎(chǔ)分析+高級分析+多組學(xué)分析 -
基因組重測序分析干貨### 一般從測序公司拿到的下級數(shù)據(jù)有raw data，或者經(jīng)過質(zhì)控之后的clean data，格式為fq。參考基因組及注釋文件gff從網(wǎng)上下載。分析流程如尾圖所示。 分析軟...
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1. Nanopore三代測序fastq數(shù)據(jù)預(yù)處理千里之行，始于足下。 本次處理的fastq文件是通過對細(xì)胞系進(jìn)行RIP實驗后，經(jīng)建庫并在nanopore單分子測序儀上測序獲得的，處理的方式按NGS常規(guī)方法處理，本人系初學(xué)者...
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簡單的轉(zhuǎn)錄組差異基因表達(dá)分析 -- DESeq2經(jīng)典的轉(zhuǎn)錄組差異分析通常會使用到三個工具limma/voom, edgeR和DESeq2。今天我們就通過一個小規(guī)模的轉(zhuǎn)錄組測序數(shù)據(jù)來演示DESeq2的簡單流程。 ? 文中使用...
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主成分分析（PCA）在前面我們學(xué)習(xí)了一種有監(jiān)督的降維方法——線性判別分析（Linear Dscriminant Analysis，LDA）。LDA不僅是一種數(shù)據(jù)壓縮方法還是一種分類算法，LDA將...
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主成分分析-PCA圖的優(yōu)化（R語言）
R語言的主成分分析（PCA）詳解和帶聚類的PCA圖繪制 最近有個老師在整理文章數(shù)據(jù)，由于分組較多，想展示PCA圖，說明不同分組的差異，公司默認(rèn)給出的PCA圖比較樸素，想做的好...
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ROH、近交系數(shù)、親緣系數(shù)、IBD、IBS連續(xù)純合片段（runs of homozygosity, ROH）是親代將同源相同的單倍型傳遞給子代而形成的，基于ROH計算的基因組近交系數(shù)是個體真實的近交系數(shù)，它比傳統(tǒng)系譜...
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「Sanger Sequencing Check」系列插件支持MacOS了~寫在前面 Emmm，寒期寫了幾個插件： Primer Check，用于本地基于序列庫，檢測引物特異性 Sanger Sequencing Chek，用于查看測序峰圖，.ab1...
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GWAS生物學(xué)相關(guān)名詞解釋
背景基因 與所研究的表現(xiàn)型直接有關(guān)的基因以外的全部基因的總稱 LD : 當(dāng)位于某一座位的特定等位基因與另一座位的某一等位基因同時出現(xiàn)的概率大于群體中因隨機(jī)分布的兩個等位基因同...
