我要偷偷內(nèi)卷，然后驚艷所有人！
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生信 | ATAC-Seq基礎分析+高級分析+多組學分析寫在前面 其實很多作者已經(jīng)探索的差不多了，相關腳本、教程也很多，但我還是自己系統(tǒng)的總結(jié)一下吧。有時候感覺是浪費時間，但是在寫的時候能發(fā)現(xiàn)并學習到很多新的知識，不斷記錄反思，也...
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基因組重測序分析干貨### 一般從測序公司拿到的下級數(shù)據(jù)有raw data，或者經(jīng)過質(zhì)控之后的clean data，格式為fq。參考基因組及注釋文件gff從網(wǎng)上下載。分析流程如尾圖所示。 分析軟...
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1. Nanopore三代測序fastq數(shù)據(jù)預處理千里之行，始于足下。 本次處理的fastq文件是通過對細胞系進行RIP實驗后，經(jīng)建庫并在nanopore單分子測序儀上測序獲得的，處理的方式按NGS常規(guī)方法處理，本人系初學者...
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小弟讀過兩年書，塵世中一個迷途小書僮<br><br>歡迎訪問: <a href="https://links.jianshu.com/go?to=https%3A%2F%2Fthereallda.github.io%2F" target="_blank">https://thereallda.github.io/</a>
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簡單的轉(zhuǎn)錄組差異基因表達分析 -- DESeq2經(jīng)典的轉(zhuǎn)錄組差異分析通常會使用到三個工具limma/voom, edgeR和DESeq2。今天我們就通過一個小規(guī)模的轉(zhuǎn)錄組測序數(shù)據(jù)來演示DESeq2的簡單流程。 ? 文中使用...
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主成分分析（PCA）在前面我們學習了一種有監(jiān)督的降維方法——線性判別分析（Linear Dscriminant Analysis，LDA）。LDA不僅是一種數(shù)據(jù)壓縮方法還是一種分類算法，LDA將...
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主成分分析-PCA圖的優(yōu)化（R語言）
R語言的主成分分析（PCA）詳解和帶聚類的PCA圖繪制 最近有個老師在整理文章數(shù)據(jù)，由于分組較多，想展示PCA圖，說明不同分組的差異，公司默認給出的PCA圖比較樸素，想做的好...
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ROH、近交系數(shù)、親緣系數(shù)、IBD、IBS連續(xù)純合片段（runs of homozygosity, ROH）是親代將同源相同的單倍型傳遞給子代而形成的，基于ROH計算的基因組近交系數(shù)是個體真實的近交系數(shù)，它比傳統(tǒng)系譜...
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「Sanger Sequencing Check」系列插件支持MacOS了~寫在前面 Emmm，寒期寫了幾個插件： Primer Check，用于本地基于序列庫，檢測引物特異性 Sanger Sequencing Chek，用于查看測序峰圖，.ab1...
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GWAS生物學相關名詞解釋
背景基因 與所研究的表現(xiàn)型直接有關的基因以外的全部基因的總稱 LD : 當位于某一座位的特定等位基因與另一座位的某一等位基因同時出現(xiàn)的概率大于群體中因隨機分布的兩個等位基因同...
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生信小工具：Plink之下載安裝與其基本格式（1）
談起Plink相信熟悉的人更定都會知道，這是一個全面的基因組分析工具集，具有很多的小功能，在SNP數(shù)據(jù)統(tǒng)計，過濾，GWAS分析中都可以用得上，而且速度非常的快，堪稱是生物信息...
