發(fā)簡信
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Signac｜入門Signac是一個可以處理scATAC-seq、scCUT&Tag和scNTT-seq等檢測單細(xì)胞水平染色質(zhì)狀態(tài)的R包，其主要步驟包括： Cre...
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R-Seurat VlnPlot 添加顯著性標(biāo)注新年好啊 :) 最近使用Seurat畫小提琴圖時想將組間的p值給標(biāo)上，發(fā)現(xiàn)Seurat的VlnPlot并沒有參數(shù)直接支持這個功能。本文就記錄一下...
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CytoTRACE2-basicCytoTRACE2 CytoTRACE2是 Newman Lab[https://anlab.stanford.edu/] 開發(fā)的用于預(yù)測sc...
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R-Seurat V5 to H5AD
最近想將單細(xì)胞數(shù)據(jù)從Seurat轉(zhuǎn)換到H5AD格式，但發(fā)現(xiàn)Seurat V5直接轉(zhuǎn)換會報(bào)錯。這里記錄一下解決的方案。 直接轉(zhuǎn)換會報(bào)錯 Error...
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enONE最近開發(fā)了一個R包，enONE（https://github.com/thereallda/enONE[https://github.com/t...
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Geneformer | 基因分類預(yù)測Gene Classification 上一篇文章寫了用Geneformer如何做細(xì)胞分類[https://thereallda.github....
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Geneformer | 細(xì)胞注釋Geneformer 是一個基于30M scRNA-seq data訓(xùn)練的Transformer模型，訓(xùn)練數(shù)據(jù)包括人類的多種組織器官。Genef...
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scanpy | 基本單細(xì)胞數(shù)據(jù)分析流程scanpy | Preprocessing and clustering 3k PBMCs 本文記錄使用scanpy處理3k PBMCs sc...
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R-抽樣本文簡單介紹幾種重抽樣方法 (in R)。 Permutation[#permutation] Bootstrap[#bootstrap] Ja...