可能是因為都不顯著，可以試一下hide.ns=F
R-Seurat VlnPlot 添加顯著性標(biāo)注新年好啊 :) 最近使用Seurat畫小提琴圖時想將組間的p值給標(biāo)上，發(fā)現(xiàn)Seurat的VlnPlot并沒有參數(shù)直接支持這個功能。本文就記錄一下解決的方案。 Data pre...
發(fā)簡信
IP屬地：黑龍江
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Signac｜入門Signac是一個可以處理scATAC-seq、scCUT&Tag和scNTT-seq等檢測單細胞水平染色質(zhì)狀態(tài)的R包，其主要步驟包括： Create object QC N...
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CytoTRACE2-basicCytoTRACE2 CytoTRACE2是 Newman Lab[https://anlab.stanford.edu/] 開發(fā)的用于預(yù)測scRNA-seq數(shù)據(jù)中細胞干性和...
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R-Seurat V5 to H5AD
最近想將單細胞數(shù)據(jù)從Seurat轉(zhuǎn)換到H5AD格式，但發(fā)現(xiàn)Seurat V5直接轉(zhuǎn)換會報錯。這里記錄一下解決的方案。 直接轉(zhuǎn)換會報錯 Error in assay.group...
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單細胞分析之細胞交互-3：CellChat常用的細胞通訊軟件：CellphoneDB[http://www.itdecent.cn/p/38a9376f5286]：是公開的人工校正的，儲存受體、配體以及兩種相互作用...
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enONE最近開發(fā)了一個R包，enONE（https://github.com/thereallda/enONE[https://github.com/thereallda/enONE...
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有可能是前面Normalize問題。
R-Seurat單細胞數(shù)據(jù)分析流程
Seurat standard pipeline[#seurat-standard-pipeline]創(chuàng)建Seurat對象[#%E5%88%9B%E5%BB%BAseurat...
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關(guān)于非模式物種的基因組相關(guān)文件我沒有處理過，不是很了解。這里分別提供不同的bed文件是為了分別計算19號和X染色體的信號。
使用deeptools生成ChIP-seq信號熱圖與譜圖
整理ChIP-seq / CUT & Tag 分析時用到的工具。本文只對使用的工具用法進行簡單介紹。 deeptools 提供了computeMatrix命令以計算特定基因組...
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總的來說是需要將raw counts轉(zhuǎn)換成tokenized data。首先是要在loom文件加上一些metadata，這個你可以參考我上一篇關(guān)于scanpy的（http://www.itdecent.cn/p/499048a34fdb）文章總結(jié)部分后面寫到。接著要用Geneformer提供的tokenizer進行處理
```
# applying fine-tuned model on new datasets
# using the 3k PBMCs dataset
# 1. transform scRNA-seq expression data to rank value .dataset format
from geneformer import TranscriptomeTokenizer
tk = TranscriptomeTokenizer({"cell_type": "cell_type", "organ_major": "organ_major"}, nproc=4)
tk.tokenize_data("D:/jupyterNote/pySC/output/", output_directory="token_data/", output_prefix="tk_pbmc3k")
```
這篇文章里的這一段就是進行tokenize的，`tk.tokenize_data`輸入的第一個參數(shù)提供的是包含了loom文件的路徑。從這里接著下去應(yīng)該就可以了。Geneformer | 細胞注釋
Geneformer 是一個基于30M scRNA-seq data訓(xùn)練的Transformer模型，訓(xùn)練數(shù)據(jù)包括人類的多種組織器官。Geneformer可以用于細胞水平的分...
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@洪曉齡
大家共同學(xué)習(xí)
R-Seurat單細胞數(shù)據(jù)分析流程
Seurat standard pipeline[#seurat-standard-pipeline]創(chuàng)建Seurat對象[#%E5%88%9B%E5%BB%BAseurat...
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大家一起學(xué)習(xí)??in_silico_perturbation我機器不知道為啥帶不動了，所以就沒跑了。但我都是跟著他們官方教程做的（https://huggingface.co/ctheodoris/Geneformer/blob/main/examples/in_silico_perturbation.ipynb），你也可以試著看看。
Geneformer | 基因分類預(yù)測
Gene Classification 上一篇文章寫了用Geneformer如何做細胞分類[https://thereallda.github.io/2023/08/02/g...
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Geneformer | 基因分類預(yù)測Gene Classification 上一篇文章寫了用Geneformer如何做細胞分類[https://thereallda.github.io/2023/08/02/g...
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scanpy | 基本單細胞數(shù)據(jù)分析流程scanpy | Preprocessing and clustering 3k PBMCs 本文記錄使用scanpy處理3k PBMCs scRNA-seq數(shù)據(jù)的流程。 環(huán)...
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GSA、GSEA、ssGSEA、GSVA的算法原理及它們的聯(lián)系與區(qū)別一、 簡述 ? ? 為了從基因的表達水平中得到更加具體直觀的生物學(xué)功能變化的信息，多種基于已知的基因集的分析方法應(yīng)運而生。其中，基因集分析（Gene Set Analysis...
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@e98fb4d676c8 是的，這里應(yīng)該是`deid`。感謝指正，文章已經(jīng)修改了。
R實戰(zhàn) | TCGA數(shù)據(jù)挖掘復(fù)現(xiàn)--BRCA篇
本文寫于觀看生信技能樹公眾號（vx: biotrainee）的七步走純R代碼通過數(shù)據(jù)挖掘復(fù)現(xiàn)一篇實驗文章（第1到6步）[https://mp.weixin.qq.com/s/...
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這個情況我好像沒有遇到過。你可以看看”/etc/rstudio/rsession.conf“這個文件是不是有什么可以調(diào)整的設(shè)置。我的只有以下這些內(nèi)容：
# R Session Configuration File
# user's package library path
r-libs-user=~/R/packages
# CRAN Repository
r-cran-repos=https://cran.r-project.org/R | RStudio-server 配置
RStudio-server合集R | RStudio-server 安裝[http://www.itdecent.cn/p/fc944bd4e925]R | RStudi...
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R包sva去除批次效應(yīng)關(guān)于sva包 sva的用戶說明：http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/vignettes/sva/inst/do...
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R-抽樣本文簡單介紹幾種重抽樣方法 (in R)。 Permutation[#permutation] Bootstrap[#bootstrap] Jackknife[#jackkn...