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R Markdown Workshop
R Markdown Workshop 背景 這對我來說是一個不尋常的帖子，我之前試圖避開寫關(guān)于R Markdown的文章，因為這個主題已經(jīng)有很多資源可用（例如RMarkdo...
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R shiny應(yīng)用程序 開源概述
將您的R shiny應(yīng)用程序提升到新的水平 - 我們的開源概述在Appsilon，在為我們的客戶開發(fā)項目時，我們經(jīng)常遇到經(jīng)常性的挑戰(zhàn)。這促使我們創(chuàng)建簡化開發(fā)過程的解決方案 -...
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對于我們分析者來說，傳統(tǒng)轉(zhuǎn)錄組的分析軟件，如top hat,cufflinks,hisat2,htseq,是不是不適應(yīng)于單細胞測序了
單細胞測序的知識
劉小澤寫于18.7.20https://hemberg-lab.github.io/scRNA.seq.course/index.html 介紹 Bulk RNA-seq: ...
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我下載的轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)有的是 hg19注釋的，有的是 hg38，有啥比較便捷有效的方法統(tǒng)一嗎，還是我最好都重新注釋一下
基礎(chǔ)知識復(fù)習(xí)之比對
劉小澤寫于18.11.30一般我們得到原始數(shù)據(jù)、質(zhì)控過濾后，要么進行比對，要么序列拼接。序列比對的話可以選擇參考基因組、參考轉(zhuǎn)錄本，目的就是看看測序的reads分布在什么位置...
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學(xué)長，我對轉(zhuǎn)錄組特別感興趣，但是我老師說轉(zhuǎn)錄組交給公司做就可以了，沒有意義，我該怎么回答老師??
基礎(chǔ)知識復(fù)習(xí)之比對
劉小澤寫于18.11.30一般我們得到原始數(shù)據(jù)、質(zhì)控過濾后，要么進行比對，要么序列拼接。序列比對的話可以選擇參考基因組、參考轉(zhuǎn)錄本，目的就是看看測序的reads分布在什么位置...
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歡迎大家來到我們的生信星球第十期訓(xùn)練營～“公眾號：生信星球” 在這里，希望你能收獲知識和快樂，結(jié)識一幫志同道合的小伙伴 豆豆和花花也會盡力幫助大家
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學(xué)長您好，想請問學(xué)長一個問題。全轉(zhuǎn)錄組測序的方法(我記得是去除核糖體）能得到同一個樣本中很多rna的表達量，但是它是不是測不到miRNA，(因為它太短了）。我記得miRNA測序需要大小切膠和beads篩選的方法單獨測，如果要想公共數(shù)據(jù)庫挖掘得到mRNA與miRNA的關(guān)系必須得是找同一個樣本同時測了兩種rna的數(shù)據(jù)，沒有別的方法吧。
生信基礎(chǔ)知識復(fù)習(xí)之測序
劉小澤寫于18.11.25每學(xué)習(xí)一遍之前的知識，總能從不同角度獲取一些觀點，然后擴增自己的知識庫，這就是“知識迭代”這次我也就是想到哪寫到哪，把自己認為重要的內(nèi)容梳理下，用Q...
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使用stringr處理字符串因為我最近的工作很多都與字符串處理相關(guān)。恰好生信星球小潔學(xué)姐在之前介紹了stringr這個包的用法。我今天的主要工作就是把小潔學(xué)姐的代碼總結(jié)一遍實際操作一遍。之后將他用到我的...
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Vim基本操作復(fù)習(xí)之前由于一些工作原因，筆記整理有所耽誤。今天開始繼續(xù)整理。今天整理的內(nèi)容比較初級。vimtutor第一節(jié)。也就是vim的基本操作.這對我這周即將要總結(jié)的軟件安裝修改配置文件和...
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雖然很久以前就看過很多測序原理介紹，但是看了豆豆學(xué)長花花學(xué)姐總結(jié)的資料還是總結(jié)的很全面很通俗易懂的，收獲很大，感謝??
2018-10-14 測序基本知識
1##一代測序sanger測序，雙脫氧核苷酸ddNTP會結(jié)合所有位點，設(shè)置四個反應(yīng)體系1-4，分別加入引物、DNA聚合酶、四種dNTP、一定比例的ddNTP（帶有放射性標(biāo)記）...
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2018-10-14 測序基本知識
1##一代測序sanger測序，雙脫氧核苷酸ddNTP會結(jié)合所有位點，設(shè)置四個反應(yīng)體系1-4，分別加入引物、DNA聚合酶、四種dNTP、一定比例的ddNTP（帶有放射性標(biāo)記）...
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@小潔忘了怎么分身 這周太忙了，，實在干不過來，并且R的我用的還是挺長時間了。等我忙過了這段的
2018-10-13 R包的學(xué)習(xí)
1.獲取幫助信息的方法 方法1：去百度/谷歌XX小抄方法2：找Rstudio的cheatsheet網(wǎng)站（網(wǎng)速好慢的） 2. 學(xué)習(xí)tidyr包 2.1數(shù)據(jù)框的建立 2.2 ti...
