加載需要的包 自定義函數(shù) 整體分析 輸入為基因的symbol向量 org是"mmu"或者"hsa" 提取GO結(jié)果中的差異基因 提取KEGG中的差異基因
1.如何通過Seurat對象獲取細胞對應(yīng)的坐標? 2.如何通過Seurat對象獲取原始表達數(shù)據(jù)? 3.提取特定基因陽性表達的細胞? 4.修改tsne/umap圖的配色 5.查...
前幾天學(xué)習(xí)了文獻CUT&Tag[http://www.itdecent.cn/p/335aec753039],了解了原理以后,可以跟著官網(wǎng)來學(xué)習(xí)如何分析CUT&Tag數(shù)據(jù)了...
官網(wǎng):http://subread.sourceforge.net/ 一、原理 文獻參考:featureCounts: an efficient general purpos...
在之前的一個視頻學(xué)習(xí)系列筆記里,有一篇筆記提到了RNA velocity(Single cell RNA-seq data analysis with R視頻學(xué)習(xí)筆記(八))...
前沿 表觀遺傳學(xué),包括組蛋白共價修飾(covalent histone modification)、DNA甲基化修飾(DNA methylation)、RNA甲基化修飾(RN...
以ChIPseq為例我們想要看某一個轉(zhuǎn)錄因子在所有TSS附近的信號的平均,看在一個TSS附近直接用igv打開就行,但當(dāng)我們看所有TSS或者給定一個bed文件的時候,就需要借用...
測序上游分析系列: mRNA-seq轉(zhuǎn)錄組二代測序從raw reads到表達矩陣:上中游分析pipelinemiRNA-seq小RNA高通量測序pipeline:從raw r...