加載需要的包 自定義函數(shù) 整體分析 輸入為基因的symbol向量 org是"mmu"或者"hsa" 提取GO結(jié)果中的差異基因 提取KEGG中的差異基因
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Seurat單細胞分析常見代碼-01
1.如何通過Seurat對象獲取細胞對應(yīng)的坐標? 2.如何通過Seurat對象獲取原始表達數(shù)據(jù)? 3.提取特定基因陽性表達的細胞？ 4.修改tsne/umap圖的配色 5.查...
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CUT&Tag數(shù)據(jù)分析筆記（1）前幾天學(xué)習(xí)了文獻CUT&Tag[http://www.itdecent.cn/p/335aec753039]，了解了原理以后，可以跟著官網(wǎng)來學(xué)習(xí)如何分析CUT&Tag數(shù)據(jù)了...
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featurecounts的使用說明官網(wǎng)：http://subread.sourceforge.net/ 一、原理 文獻參考：featureCounts: an efficient general purpos...
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RNA velocity of single cells文獻學(xué)習(xí)在之前的一個視頻學(xué)習(xí)系列筆記里，有一篇筆記提到了RNA velocity（Single cell RNA-seq data analysis with R視頻學(xué)習(xí)筆記（八））...
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表觀遺傳--RNA甲基化之m6A前沿 表觀遺傳學(xué)，包括組蛋白共價修飾(covalent histone modification)、DNA甲基化修飾(DNA methylation)、RNA甲基化修飾(RN...
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用deeptools的computematrix/plotprofile/plotheatmap繪制基因組上一系列位置的信息，例如測序覆蓋度等以ChIPseq為例我們想要看某一個轉(zhuǎn)錄因子在所有TSS附近的信號的平均，看在一個TSS附近直接用igv打開就行，但當(dāng)我們看所有TSS或者給定一個bed文件的時候，就需要借用...
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TCGA轉(zhuǎn)錄組差異分析后多種基因功能富集分析：從GO/KEGG到GSEA和GSVA/ssGSEA（含基因ID轉(zhuǎn)換）測序上游分析系列： mRNA-seq轉(zhuǎn)錄組二代測序從raw reads到表達矩陣：上中游分析pipelinemiRNA-seq小RNA高通量測序pipeline：從raw r...
