GSEA-analysis 1.加載數(shù)據(jù) 載入前一步分析得到的表達(dá)矩陣 2.批量相關(guān)性分析 將第一行目的基因跟其他行的編碼基因批量做相關(guān)性分析，得到相關(guān)性系數(shù)以及p值。 3....
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GEO數(shù)據(jù)分析之GSEA -
SAM/BAM 格式文件內(nèi)容解析一、首先需要知道以下幾個知識點(diǎn)： 詳細(xì)內(nèi)容請參考：http://samtools.github.io/hts-specs/SAMv1.pdf 1.1-based coordi...
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【哈佛大學(xué)：計(jì)算生物學(xué) & 生物信息學(xué)】學(xué)習(xí)記錄（二）筆記主要內(nèi)容：1~3代測序技術(shù)，fastq文件 & FASTQC （1）測序技術(shù) 1、一代測序技術(shù)：Sanger Sequencing 測序條件：需要有足夠的量的單鏈DNA，...
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關(guān)鍵基因和hub基因（生物網(wǎng)絡(luò)角度）寫在前面 這篇文章仍然來自幾篇文章及自己平時的積累，主要闡述關(guān)鍵基因和hub基因。很多人誤以為hub基因就是關(guān)鍵基因，甚至有人認(rèn)為差異表達(dá)基因就是關(guān)鍵基因。在正式看本文章之前...
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ANNOVAR結(jié)果說明-SNP/INDEL
一 結(jié)果文件說明 1 VCF (Variant Call Format)是儲存Variation結(jié)果的文件格式 該文件的#列為文件的詳細(xì)解讀信息 2 *.hg19_mul...
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ANNOVAR | 變異注釋【下】結(jié)果文件的解讀 輸出文件1：*.variant_function 第一個文件包含所有變異的注釋，方法是在每個輸入行的開頭添加兩列（例如，第一行下面的“intergenic ...
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人類參考基因組知識點(diǎn)(更新ing~)一、人類基因組有多大 參照UCSC提供的hg38版本，也是目前常用的人類參考基因組http://hgdownload.soe.ucsc.edu/goldenPath/hg38...
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ChIP-seq數(shù)據(jù)比對注意事項(xiàng)劉小澤寫于2020.5.6首先是ChIP-seq分析的前言介紹部分：1：了解ChIP-seq的實(shí)驗(yàn)流程2：繼續(xù)了解ChIP-seq3：關(guān)于ChIP-seq的實(shí)驗(yàn)對照與偏差來源...
