在單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測(cè)序中一個(gè)重要的方面就是定義聚類得來的cluster，一個(gè)思考的方向就是根據(jù)marker基因來定義cluster的細(xì)胞類型（cell type）。怎樣才能建立c...
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single cell marker 基因數(shù)據(jù)庫(kù) -
TCGA數(shù)據(jù)下載
TCGA是目前使用最多的腫瘤組學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù)，2018年的一批Cell文章也非常搶眼。在近年的腫瘤文章中，對(duì)TCGA數(shù)據(jù)庫(kù)的分析，已成為標(biāo)配。使用這個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)，首先，當(dāng)然是數(shù)據(jù)的下載...
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喜歡寫代碼的外科醫(yī)生。
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病例對(duì)照和回顧性隊(duì)列到底有啥區(qū)別？
摘自易侕科研 很多人在學(xué)習(xí)臨床研究時(shí)是會(huì)遇到這樣的困擾：回顧性數(shù)據(jù)，為什么有的做了回顧性隊(duì)列，而有的卻做了病例對(duì)照？它們之間有什么區(qū)別？今天我們就來聊聊這兩種研究的兩點(diǎn)...
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R數(shù)據(jù)科學(xué)第五章DEA-day2
缺失值 異常值處理辦法 丟棄 選擇y=3-20之間的數(shù)值。 用缺失值代替 ifelse() 函數(shù)有3 個(gè)參數(shù)。第一個(gè)參數(shù)test 應(yīng)該是一個(gè)邏輯向量，如果test 為TRUE...
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R數(shù)據(jù)科學(xué)第五章DEA-day1
1.簡(jiǎn)介 探索性數(shù)據(jù)分析（exploratory data analysis，EDA），具有以下作用:(1) 對(duì)數(shù)據(jù)提出問題。(2) 對(duì)數(shù)據(jù)進(jìn)行可視化、轉(zhuǎn)換和建模，進(jìn)而找出問...
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R數(shù)據(jù)科學(xué)day2-4分組新變量 用到的變量有：select（），mutate（），summarize（），filter（）。組合使用。 找出每組中最差的成員 注：<10的意思不是值，而是個(gè)數(shù)，是...
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R數(shù)據(jù)科學(xué)day2-3summarize（） 將一列數(shù)據(jù)折疊成一行，經(jīng)常與group_by() 組合構(gòu)成了使用dplyr 包時(shí)最常用的操作之一：分組摘要。如果沒有g(shù)roup_by，就會(huì)把整個(gè)數(shù)據(jù)框...
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混雜和交互作用區(qū)別
混雜因素是指能同時(shí)導(dǎo)致研究因素和研究疾病，既和X有關(guān)，又和Y有關(guān)。交互作用是指當(dāng)兩個(gè)或兩個(gè)以上因素共同作用于某一事件時(shí)，其效應(yīng)明顯不同于該兩個(gè)或兩個(gè)以上因素單獨(dú)作用時(shí)的和或積...
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R數(shù)據(jù)科學(xué)day2-2
arrange（）排序 注：就是excel的多條件排序。后面的在前面的變量基礎(chǔ)上排序。 降序排列。 無論正序倒序，空值排在最后 注：arrange(df, desc(is.n...
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R數(shù)據(jù)科學(xué)day2-1如果不想麻煩每次設(shè)置工作目錄，可以多保存幾個(gè)R文件。需要哪個(gè)就打開哪個(gè)。 工作流-基礎(chǔ) 使用RStudio 快捷鍵：Alt+-（Alt 加上減號(hào)）。RStudio 會(huì)自動(dòng)在<...
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研究類型
歷史性隊(duì)列研究與病例對(duì)照研究最明顯的不同在于對(duì)照組的劃分.歷史性隊(duì)列研究先回顧樣本人群有無暴露于某種因素,劃分的依據(jù)是是否暴露于某種因素,而不是是否發(fā)?。▽?duì)照組也可發(fā)?。?比...
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R數(shù)據(jù)科學(xué)-day1準(zhǔn)備工作 R Rstudio tidyverse mpg mpg是ggplot2的內(nèi)置數(shù)據(jù)框。dplyr包是Hadley Wickham的新作，主要用于數(shù)據(jù)清洗和整理，該包專...
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學(xué)習(xí)小組Day7筆記-夢(mèng)幻天堂今天學(xué)習(xí)測(cè)序相關(guān)知識(shí) 學(xué)習(xí)內(nèi)容 怎么區(qū)分一二三代測(cè)序 二代測(cè)序大體流程 NGS組學(xué)都包括哪些分類（粗略） 測(cè)序原理和過程 原理介紹視頻：https://share.weiyu...
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