Structurestructure下載地址[https://web.stanford.edu/group/pritchardlab/structure.html] Stru...
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遺傳多樣性軟件 Structure 使用說(shuō)明 -
群體結(jié)構(gòu)分析軟件Structure了解和使用一、簡(jiǎn)介 Structure 是一個(gè)利用遺傳標(biāo)記推斷群體遺傳結(jié)構(gòu)的軟件。其功能包括推斷群體數(shù)目，判斷某個(gè)個(gè)體屬于哪個(gè)群體，鑒別遷移個(gè)體及雜合體等。舉個(gè)例子 上圖中顏色的種類即...
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使用Hisat2, Bowtie, Bowtie2和BWA對(duì)PE150進(jìn)行比對(duì)-細(xì)菌轉(zhuǎn)錄組實(shí)戰(zhàn)
一、基因組下載及索引構(gòu)建 1.1下載基因組 我下載的是支原體基因組，http://bacteria.ensembl.org/index.html[http://bacteri...
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fasta/fq文件處理萬(wàn)能工具——Seqkit學(xué)習(xí)記錄
shenwei爪哥開(kāi)發(fā)的處理Fasta/Fastq文件的萬(wàn)能工具。之前處理fq/fa文件時(shí)花時(shí)間寫(xiě)的一些腳本發(fā)現(xiàn)在seqkit里直接能一行命令就解決。實(shí)在是提升效率，整合流程...
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利用plink對(duì)snp質(zhì)控的指標(biāo)和基本流程
在拿到一組snp數(shù)據(jù)時(shí)，首先應(yīng)該想到要對(duì)snp數(shù)據(jù)的質(zhì)量進(jìn)行檢測(cè)和控制。然后再考慮這組數(shù)據(jù)該怎么分析，如何分析。snp的質(zhì)控是非常重要的，如果snp數(shù)據(jù)的質(zhì)量不佳，那么計(jì)算的...
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chapter24:seqkit使用查看fastq總體信息 root:~/refs# seqkit stat duplicated-reads.fq.gz seqkit fx2tab 1.取序列名seqkit ...
