什么是Phasing？ Phasing，或者說Genotype Phasing，它的中文名有很多：基因定相、基因分型、單倍體分型、單倍體構建等在不同的語境下都有人說過。但不管...
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人類基因組的Phasing原理是什么？ -
「r<-配置」Rprofile：R 全局設置
與文章 【r<-安裝|方案】Windows R安裝與配置 相關。 存儲在 ~/.Rprofile 中的內容是一個 R 腳本，它會在 R 啟動時自動運行，所以可以作為全局的配置...
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5、RNAseq(5)--reads count(htseq-count)與基因注釋（bioMart）理論基礎 在上篇的比對中，我們需要糾結是否真的需要比對，如果你只需要知道已知基因的表達情況，那么可以選擇alignment-free工具（例如salmon, sailfish...
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4、RNAseq(4)--Hisat2進行序列比對及Samtools格式轉化概況：使用處理后的fastq文件和基因組與轉錄組比對，確定在轉錄組或者基因組中的關系。在轉錄組和基因組的比對采取的方案不同。分別是ungapped alignment to ...
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華西師兄傾情推薦|小白學機器學習的經(jīng)典書籍和資源這都有作者簡介 本文作者大可，四川大學華西醫(yī)院腫瘤中心科研搬磚工，研究興趣包括機器學習在高維組學問題中的應用，預測模型的開發(fā)與驗證。已發(fā)表多篇生信和機器學習相關sci文章。 編輯審...
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R小姐：mice 多重插補
答應大家今天要寫一寫關于多重插補的文章。查閱了很多資料，發(fā)現(xiàn)了一篇非常棒的英文文獻，翻譯給大家。 附上原文鏈接： 文章名稱：mice: Multivariate Imputa...
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特異度（specificity）與靈敏度（sensitivity）前言 在論文閱讀的過程中，經(jīng)常遇到使用特異性（specificity）和靈敏度（sensitivity）這兩個指標來描述分類器的性能。對這兩個指標表示的含有一些模糊，這里查閱...
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傾向性評分匹配完整實例（R實現(xiàn)）傾向性評分匹配（propensity score matching, PSM）主要是在隨機對照試驗(Randomized controlled trials,RCT)中用于衡...
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1.GWAS：原理與目的全基因組關聯(lián)分析（Genome-Wide Association Study， GWAS）是以連鎖不平衡（LD）為基礎，利用全基因組范圍內群體中高密度的分子標記，鑒定與復雜性...
