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單細(xì)胞譜系分化高級算法2021.02.14今天收集了三個(gè)與譜系分化有關(guān)的單細(xì)胞高級算法：MAGIC（2018 Cell），PHATE（2019 NBT），Palant...
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科研日常效率工具小結(jié)前段時(shí)間做了一次分享，整理了一下自己覺得好用的一些科研效率工具。其中有一大半都來自思考問題的熊學(xué)長和Jimmy老師的推薦，在此感謝他們。（文末有...
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R語言常用畫圖函數(shù)小結(jié)
最近一段時(shí)間在用R語言畫圖，小結(jié)一下常用的畫圖函數(shù)。我只列個(gè)大綱，目的是要用的時(shí)候可以記起來用哪個(gè)函數(shù)畫，然后去搜索相應(yīng)的代碼。 ggplot2...
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腫瘤免疫相關(guān)網(wǎng)頁工具/數(shù)據(jù)庫
這份提綱是為了《醫(yī)學(xué)信息學(xué)》這門課的期末presentation準(zhǔn)備的。因?yàn)樽约呵捌谑詹亓艘恍?shù)據(jù)分析的網(wǎng)頁工具，所以就順手整理了一下，和大伙兒...
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字符串計(jì)算長度&取子集 - stringr
如何把字符串中的數(shù)字和字母分開 最近一位小伙伴向我求助：如何把title這一列中的數(shù)字和字母分成兩列？ 這個(gè)我也不會(huì)的，但是可以想想辦法。因?yàn)樽?..
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快速讀取大文件 - vroom
有時(shí)我們需要將一個(gè)大文件讀入R，比如單細(xì)胞表達(dá)矩陣。使用vroom這個(gè)R包可以節(jié)約不少時(shí)間。 官方文檔：Get started with vro...
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如何下載感興趣的基因集（GO數(shù)據(jù)庫）
需求：下載DNA損傷修復(fù)相關(guān)的基因列表。 第一步 搜索數(shù)據(jù)庫 進(jìn)入GO (Gene Ontology) 數(shù)據(jù)庫網(wǎng)頁 http://geneont...
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如何構(gòu)建表達(dá)矩陣——RNAseq中游分析
中游分析這個(gè)詞是我杜撰的，用來強(qiáng)調(diào)表達(dá)矩陣構(gòu)建過程并不簡單。 0 前言 前幾天Jimmy老師發(fā)了一篇 我用這個(gè)技能一杯咖啡的功夫就掙了800塊錢...
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如何用腳本來寫腳本——Linux批量循環(huán)
以前在Linux寫循環(huán)時(shí)都用 ls * | while read id ; do command line $id ; done 的結(jié)構(gòu)，這種方...