單倍型，是單倍體[https://baike.baidu.com/item/%E5%8D%95%E5%80%8D%E4%BD%93/304058]基因型的簡稱，在遺傳學上是指...
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基于Vcf文件進行基因單倍型分析 -
WGS分析筆記（7）—— 新的mapping工具開始之前特別感謝從美國“人肉背回”這兩個軟件的小伙伴！@Olivia阿儀_鴉雀 之前講過目前用的比較多的兩個二代測序基因組比對軟件，bwa 和 bowtie2，也比較了一下效...
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使用ggplot2個性化繪制GO富集分析柱狀圖好久沒更新了 今天就更新一波，今天的主題是如何使用ggplot2個性化繪制GO富集分析柱狀圖。進入正題,為什么選擇利用ggplot做圖，而沒用clusterProfiler自...
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Xshell初步設置之前一直用的putty，現在改用Xshell了，首次配置記錄下，免得以后折騰。 雙擊復制，右擊粘貼 雙擊復制全路徑 將以下分隔符中默認的.（點）,-(減號)，/（反斜杠）去掉...
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linux 腳本編程? 查看CPU信息：lscpu ? 查看內存信息：free -h ? 查看硬盤信息：df -h 顯示當前文件夾的大小image.png 打印變量需要echo 美元符號$可以對...
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Samtools和Bcftools
Samtools和Bcftools簡介 SAMtools是一個用于操作sam和bam文件的工具合集，包含有許多命令。BCFtools主要是用來操作vcf和BCF文件的工具合集...
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下載SRA數據（四）
轉自公眾號：茶與生信 軟件名：SRA Explorer 開發(fā)者：瑞典斯德哥爾摩的Phil Ewels 軟件網頁界面： 搜索方式：支持輸入：GSE、SRA、SRP、PRJ、EP...
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GWAS理論 1-5 全基因組關聯分析結果解讀與經典案例介紹一、主要結果 二、結果可視化與后續(xù)分析建議 置換檢驗（Permutation test） bonferroni threshold 和 FDR 看我之前的簡書文章有解釋 受...
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PCA計算原理（超簡單，R代碼）今天介紹如下三點內容: PCA是如何計算的 如何計算每個PC所能解釋的方差 特征值與PC解釋方差比例的關系 1. 使用R語言自帶函數prcomp計算PCA 并計算每個PC所能...
