生物醫(yī)學(xué)研究中總免不了對單基因或是某基因家族的分析，這樣“優(yōu)秀”的基因需要在疾病表達、臨床病理特征、以及其他生物層面具有顯著的意義，如免疫相關(guān)、浸潤差異、突變差異等等，同時具...
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五分鐘看完：怎樣不讀文獻而快速找到值得研究的基因？ -
下載轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)的方法
在閱讀文獻時，會得到一些轉(zhuǎn)錄組的數(shù)據(jù)。那么我們?nèi)绾蜗螺d這些轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)呢？以SRR1039510為例 一般轉(zhuǎn)錄組分析都會在服務(wù)器上進行，所以在下載之前，需要配置好環(huán)境，下載好相...
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TCGA 01 TCGAbiolinks下載轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)差異分析1. 準(zhǔn)備 安裝和導(dǎo)入TCGAbiolinks包 查看各個癌種的項目id，總共有65個ID值 查看project中有哪些數(shù)據(jù)類型，如查詢"TCGA-LUAD"，有7種數(shù)據(jù)類型...
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Python+Selenium，讓瀏覽器自動幫你下文獻在做學(xué)術(shù)、搞科研的過程中，我們往往需要針對一個特定的主題下載海量的文獻。在把幾百篇文獻下載到電腦的過程中，假如遇到不夠友好的數(shù)據(jù)庫不提供批量下載的功能，怎么辦？我恰好遇到了這...
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《生物信息學(xué)生R入門教程》讀書筆記 Chapter 7這一章來介紹NGS的下游分析 富集分析 簡單的講，富集分析就是一種統(tǒng)計分析的手段，用來篩選功能相類的一組基因是否富集中差異表達的基因中。當(dāng)人們拿到了差異表達的基因時，很多時候...
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GO和KEGG學(xué)習(xí)筆記1（含R代碼）
材料：一個只有g(shù)ene name的表格 需求：KEGG富集分析 背景 功能富集分析：按照功能分類，將功能相近的基因/蛋白分到一起，并關(guān)聯(lián)其生物學(xué)表型。 Gene Ontolo...
