引用趙立平教授的工作《A core microbiome signature as an indicator of health》，鏈接：https://www.cell.c...
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宏基因組劃分功能群的分析方法 -
利用kmer做GWAS的文章收集
1. Jaegle, B., Voichek, Y., Haupt, M. et al. k-mer-based GWAS in a wheat collection rev...
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Multi-view BLUP 原理介紹問題的由來 參考文獻(xiàn)《Multi-view BLUP: a promising solution for post-omics data integrative predic...
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Alphafold3 不依賴 dockers 安裝
見鏈接：https://gitee.com/regentsai/various-papers/blob/master/af3/01install.md[https://git...
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貝葉斯與GWAS（1）關(guān)于BayesCpi 本文在進(jìn)行基因型系數(shù)矩陣估計時采用的是 BayesCpi 方法 理論部分 基礎(chǔ)知識第一部分：關(guān)于固定效應(yīng)和隨機(jī)環(huán)境效應(yīng)和遺傳效應(yīng)（SNP標(biāo)記）系數(shù)矩陣的...
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偏最小二乘回歸及python代碼原理 偏最小二乘回歸的思想是將 Y = [ y1, y2, ... , yn ] ，X = [ x1, x2, ... , xn ] 進(jìn)行線性表示 步驟 1. 將 X 和 Y...
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利用AI畫SVG并且適配于echart顯示自定義熱圖如何將自定義的圖畫適配于echart，鏈接：echart 自定義 SVG 圖各部分的對應(yīng)關(guān)系[http://www.itdecent.cn/p/5ce2cac2403b] ...
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MicroWorldOmics-面向微生物組，病毒組的數(shù)據(jù)分析桌面應(yīng)用生態(tài)、醫(yī)學(xué)、藥學(xué)領(lǐng)域大量高通量測序數(shù)據(jù)的產(chǎn)生，使得數(shù)據(jù)分析和解釋的復(fù)雜性日益提高。然而，微生物組和病毒組領(lǐng)域仍然缺乏一個方便和無編程的桌面應(yīng)用程序來全面分析微生物組和病毒組數(shù)...
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cygwin 編譯cpp軟件例子以編譯CDhit為例子 1. 選擇從互聯(lián)網(wǎng)安裝 點(diǎn)擊setup.exe并點(diǎn)擊下一步 2. 選擇安裝的根目錄 3.選擇本地軟件包目錄 4. 選擇互聯(lián)網(wǎng)連接 5. 選擇站點(diǎn) 這里...
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全表型關(guān)聯(lián)分析文章收集
1. PheWAS-based clustering of Mendelian Randomisation instruments reveals distinct mech...
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分享一個共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)矯正的方法
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WGAN-GP 原理和代碼分析
生成對抗模型（GAN）簡介可以參考：http://www.itdecent.cn/p/34d9d0755f51[http://www.itdecent.cn/p/34d9...
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一種鑒定耐藥基因水平轉(zhuǎn)移的方法今天分享一個鑒定耐藥基因轉(zhuǎn)移的方法學(xué)文章（當(dāng)然筆者其他基因也可以如此分析）。附上文獻(xiàn)地址《Forecasting the dissemination of antibioti...
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Cygwin 在 win 中編譯 cpp 源碼軟件這個軟件的作用是將只能在linux上編譯的軟件用于在window上編譯 下載 Cygwin 從官網(wǎng)上下載：https://www.cygwin.com/[https://ww...
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@南祁齊 然后再用隨機(jī)森林 基尼系數(shù)來看基因?qū)Σ町惓潭鹊呢暙I(xiàn) 這樣篩選出來的也是marker
Seurat中FindMarker尋找兩個cell type差異基因的若干方法
加載示例數(shù)據(jù) 1.運(yùn)行Seurat 2.差異分析計算logFC值 其中：對象 cells cells包括兩種cell type的細(xì)胞barcodes（即每一個單獨(dú)的細(xì)胞）對象...
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@南祁齊 可以的 我感覺你是想知道統(tǒng)一細(xì)胞類型在不同處理的差異 可以先做一個這個http://www.itdecent.cn/p/e838e337398a
Seurat中FindMarker尋找兩個cell type差異基因的若干方法
加載示例數(shù)據(jù) 1.運(yùn)行Seurat 2.差異分析計算logFC值 其中：對象 cells cells包括兩種cell type的細(xì)胞barcodes（即每一個單獨(dú)的細(xì)胞）對象...
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@南祁齊 建議不要單獨(dú)拿出來 因為選特征細(xì)胞 find marker是通過整體表達(dá)矩陣為特征做的 單獨(dú)拿出來就只有局部信息了
Seurat中FindMarker尋找兩個cell type差異基因的若干方法
加載示例數(shù)據(jù) 1.運(yùn)行Seurat 2.差異分析計算logFC值 其中：對象 cells cells包括兩種cell type的細(xì)胞barcodes（即每一個單獨(dú)的細(xì)胞）對象...