問(wèn)題描述：遇到一位同學(xué)他的SEQ數(shù)據(jù)是13年的，illumina雙端測(cè)序，而且是無(wú)參物種，分別是病毒和昆蟲拼接好的轉(zhuǎn)錄組序列。而且還不是同一批樣本。然而我比較熟悉RNAseq...
IP屬地：新疆
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2021-03-04 blast+ 比對(duì)兩個(gè)denovo RNAseq序列
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R語(yǔ)言計(jì)算FDR/p-value
data <- read.table("./FPKM.txt",sep = '\t',header = T) p1 <-as.matrix(p_value) p2 <-as....
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conda下載及安裝以前做生物信息都需要去各種各樣的生物軟件官網(wǎng)進(jìn)行軟件下載，不過(guò)現(xiàn)在有一個(gè)conda就夠了。它就像是我們windows系統(tǒng)里的360軟件中心，大部分軟件都可以通過(guò)它來(lái)進(jìn)行下載和...
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TCGA突變數(shù)據(jù)下載與處理實(shí)驗(yàn)內(nèi)容 1.在TCGA數(shù)據(jù)庫(kù)下載疾病BRCA的突變數(shù)據(jù)熟悉TCGA數(shù)據(jù)庫(kù)的結(jié)構(gòu)與數(shù)據(jù)下載方法2.處理下載數(shù)據(jù)，將其變?yōu)榱袨闃颖拘袨榛虻男问讲⑤敵觯〝?shù)據(jù)處理過(guò)程中去掉同義突...
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2萬(wàn)個(gè)基因cox回歸分析Cox比例風(fēng)險(xiǎn)模型（考克斯，1972年）是常用的統(tǒng)計(jì)在醫(yī)學(xué)研究調(diào)查的患者和一個(gè)或多個(gè)預(yù)測(cè)變量的存活時(shí)間之間的關(guān)聯(lián)回歸模型?；A(chǔ)知識(shí)可見(jiàn)：R-回歸分析[https://mp.w...
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ggplot2超詳細(xì)講解一.基本概念 "一張統(tǒng)計(jì)圖形就是從數(shù)據(jù)到幾何對(duì)象(geometric object, 縮寫為geom, 包括點(diǎn)、線、條形等)的圖形屬性(aesthetic attribute...
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GEO數(shù)據(jù)表達(dá)差異分析1-1從GEO數(shù)據(jù)庫(kù)下載數(shù)據(jù) 1-2提取表達(dá)矩陣exp 1-3提取各樣本的分組信息 1-4調(diào)整exp的行名順序與pd列名完全一致 1-5提取芯片平臺(tái)編號(hào)，保存 2-1提取分組...
