發(fā)簡(jiǎn)信
IP屬地：山西
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拆分?jǐn)?shù)據(jù)
目標(biāo)：我有個(gè)a_1.fq.zg和 a_2.fq.zg 都是2G 測(cè)序的雙端文件，我想把他拆分成倆個(gè)文件，拆分成1.6G，b_1.fq.zg和 1.6G b_2.fq.z...
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OrthoFinder尋找同源蛋白Orthologs（直系同源基因）: homolog的一種。在兩個(gè)物種形成之前，是它們共同祖先里面的一個(gè)基因，跟著新主子去了新形成的物種，之后可能各自有一些不同的變化。是不同...
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MeMe——motif 分析download motif database 下載motif的database 運(yùn)行MEME-CHIP -o summit.l50.r50.meme-chip: S...
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Win11系統(tǒng)安裝WSL時(shí)的報(bào)錯(cuò)和解決方法
安裝Ubuntu系統(tǒng) 1.設(shè)置 打開控制面板 -- 程序 -- 啟動(dòng)或關(guān)閉Windows功能 -- 勾選"適用于Linux的Windows子系統(tǒng)" 和 "虛擬機(jī)平臺(tái)" -- ...
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seqtk 基因組進(jìn)行格式化，固定60bp換行。
seqtk 是一個(gè)快速和輕量級(jí)的工具，用于處理序列數(shù)據(jù)。要將基因組解析處理，使每條染色體變成60bp一行，可以使用 seqtk seq 命令。 假設(shè)你有一個(gè)基因組文件 gen...
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下載SRA數(shù)據(jù)1.登錄網(wǎng)站：ENA Browser (ebi.ac.uk)[https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/view/] 2. 輸入SRA號(hào)，搜索fq文...
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conda 安裝micromamba
確保 micromamba 安裝在 conda 環(huán)境中 初始化 micromamba Shell Hook運(yùn)行以下命令來(lái)初始化當(dāng)前的 shell： 初始化 micromamb...
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安裝mamba 以及打包并遷移環(huán)境
1. 創(chuàng)建文件夾 2.下降mamba文件 3. 解壓 4.配置環(huán)境變量 5. 設(shè)置源，將以下內(nèi)容保存到~/.mambarc 即可。 創(chuàng)建環(huán)境 python=2.7 并安裝軟件...
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windows中 Excel導(dǎo)出文件多換行符問(wèn)題
最近遇見一個(gè)奇葩問(wèn)題，從excel 導(dǎo)出的文件，導(dǎo)入服務(wù)器進(jìn)行處理老是報(bào)錯(cuò)。 后來(lái)發(fā)現(xiàn)原來(lái)windows導(dǎo)出后自帶換行符。 例如 使用cat -v命令顯示文件中的非打印字符：...
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從SAM文件中提取已比對(duì)的reads并輸出為雙端FASTQ文件
將SAM文件轉(zhuǎn)換為BAM文件：首先，將SAM文件轉(zhuǎn)換為BAM文件，這樣更容易處理。可以使用samtools進(jìn)行轉(zhuǎn)換： 從BAM文件中提取比對(duì)上的reads：使用samtool...
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計(jì)算Veen圖中的P values這里的a為A數(shù)據(jù)集的基因數(shù)，b為B數(shù)據(jù)集的基因數(shù)，inter為兩者交集的基因數(shù)。 這里需要解釋的是代碼phyper(inter-1, a, 20000-a, b, lower...
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利用Tbtools提取Fasta序列1.打開軟件--Fasttools----》Fast Extract(recommended) 2. 建立基因組索引 3. 設(shè)置輸出數(shù)據(jù)路徑 4.設(shè)置輸入數(shù)據(jù)，\t f分開。...
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提取Rice RNA-seq Database（南方科大）數(shù)據(jù)1. 數(shù)據(jù)來(lái)源于這個(gè)網(wǎng)站，下載水稻所有RNA-seq數(shù)據(jù) 2. 準(zhǔn)備自己的基因IDs文件, 注意基因是一行，而且空格隔開。 3. 利用腳本提取所有目標(biāo)基因的所有樣本的表達(dá)譜數(shù)...
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ChIP-seq 質(zhì)量檢測(cè)1. Call peaks 并去除blacklists 2. 計(jì)算文庫(kù)復(fù)雜度 #注意這里采用的是未過(guò)濾的bam files。 3. 計(jì)算FRIPs 4. 計(jì)算cross c...
