寫在前面 Autodock Vina作為經(jīng)典的分子對接工具，上手也比較容易，最近學(xué)習(xí)了一下，特此記錄。 Requirement Pymol2.Plugin ‘GetBox-P...
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IP屬地：山西
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Autodock Vina 對接蛋白質(zhì)和小分子及結(jié)合自由能計(jì)算
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@Yorleleiyo ??，一切都會好起來的
2022年度總結(jié)及2023展望
2022年是比較魔幻的一年，2月份在海南遭遇了有史以來最大皮肉之苦，整個(gè)人從電瓶車上摔了下來，身上七七八八的擦傷，打完補(bǔ)丁后仿佛是個(gè)木乃伊，好在沒有破相和傷到骨頭。認(rèn)識到了電...
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@YYYYxiao 水稻的話是rap-db，詳看我關(guān)于水稻基因組的數(shù)據(jù)庫介紹。
【基因組學(xué)】從基因組中提取基因序列，一段序列及相應(yīng)的注釋文件
寫在前面要讓從基因組中獲取信息變得像喝水那樣簡單。 --by zhougengxu 預(yù)先準(zhǔn)備 我以水稻基因組為例，像大家介紹如何提取序列。 基因組文件：水稻基因組，水稻...
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@jing_我愿 透明或白色reads.質(zhì)量低，不太可信，可以用pcr驗(yàn)證一下。
【基因組學(xué)】使用IGV可視化查看基因組重測序比對結(jié)果
寫在前面IGV能夠?qū)⒒蚪M的變異情況可視化，因此廣泛應(yīng)用于基因組學(xué)的研究中。下面我以windows下的IGV為例，介紹一下IGV在查看基因組變異方面的應(yīng)用。 一.下載 下載鏈...
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2022年度總結(jié)及2023展望
2022年是比較魔幻的一年，2月份在海南遭遇了有史以來最大皮肉之苦，整個(gè)人從電瓶車上摔了下來，身上七七八八的擦傷，打完補(bǔ)丁后仿佛是個(gè)木乃伊，好在沒有破相和傷到骨頭。認(rèn)識到了電...
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【科研相關(guān)】有機(jī)化合物的系統(tǒng)命名法
寫在前面????最近由于課題需要，接觸了些有機(jī)化合物的結(jié)構(gòu)式，我首先想弄明白的是，它的編號是怎么來的，搜索了一下優(yōu)質(zhì)內(nèi)容?；税胄r(shí)看完以后，仿佛回憶起自己高中和本科學(xué)過的那...
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@bc8cfc3797df 一起進(jìn)步
【軟件使用】PyMol入門教程
主要講述PyMOL中常見的圖形界面（鼠標(biāo)）操作 1.認(rèn)識PyMol 1. 軟件界面介紹 1.2 內(nèi)置demo介紹 打開PyMOL,點(diǎn)擊1.1菜單窗口的Wizard菜單，然后點(diǎn)...
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@員外家的小公舉 看看國外rodwing或者韓斌老師他們的數(shù)據(jù)庫呢
【基因組學(xué)】水稻常用基因組數(shù)據(jù)庫介紹
水稻常用數(shù)據(jù)庫介紹 ????近幾年隨著測序數(shù)據(jù)量呈井噴式增長，涌現(xiàn)出一大批優(yōu)秀的數(shù)據(jù)庫。而水稻和擬南芥分別作為植物研究中單雙子葉的模式植物，其基因組信息得到了很大程度的挖掘。...
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@jefflllyyy 有時(shí)候不穩(wěn)定，換成有線或者過幾天看看
[基因組學(xué)]使用biomaRt做水稻ID轉(zhuǎn)換及相關(guān)信息的填充
水稻的基因號大致分為兩類，一類是RAP號，格式為“Os-Chr-g-number”，另一類是MSU號，格式為“LOC_Os-Chr-g-number”。平時(shí)做各種分析時(shí)，需要...
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NGS分析手把手教學(xué)：零基礎(chǔ)RNA-seq轉(zhuǎn)錄組分析實(shí)踐，兩套方案(2023年最新）??不想充值付費(fèi)的小伙伴可以點(diǎn)贊，會隨機(jī)挑選幸運(yùn)觀眾贈送全文。 NGS分析手把手教學(xué)系列繼WGS全基因組分析[http://www.itdecent.cn/p/04cacc...
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@Sherlocklock 我之前一直是用RAP號做的富集分析，沒用過Entrez。最近有個(gè)項(xiàng)目，剛好試了試你說的entrez ID，我發(fā)現(xiàn)確實(shí)有很大部分缺失。我的解決方案是將RAP號轉(zhuǎn)換成GO_id，用GO_id去做富集分析，你可以嘗試一下。
[基因組學(xué)]使用biomaRt做水稻ID轉(zhuǎn)換及相關(guān)信息的填充
水稻的基因號大致分為兩類，一類是RAP號，格式為“Os-Chr-g-number”，另一類是MSU號，格式為“LOC_Os-Chr-g-number”。平時(shí)做各種分析時(shí)，需要...
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@Sherlocklock :加油smile:
[基因組學(xué)]使用biomaRt做水稻ID轉(zhuǎn)換及相關(guān)信息的填充
水稻的基因號大致分為兩類，一類是RAP號，格式為“Os-Chr-g-number”，另一類是MSU號，格式為“LOC_Os-Chr-g-number”。平時(shí)做各種分析時(shí)，需要...
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【科研相關(guān)】使用PPT進(jìn)行科研繪圖(二)寫在前面????補(bǔ)充一些PPT相關(guān)的基礎(chǔ)知識，主要包括圖片格式、分辨率、位圖分辨率設(shè)置、快捷鍵的說明和自定義工具欄，總共五個(gè)部分。 一、圖片格式的學(xué)問 1.圖片分為位圖和矢量...
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【科研相關(guān)】使用PPT進(jìn)行科研繪圖(一)寫在前面????PPT堪稱是個(gè)神器，不僅能做presentation，還能做Figure，而且上手還容易，畢竟大多數(shù)人從初中甚至小學(xué)就開始接觸了。我就利用封控期間，學(xué)習(xí)了一下...
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@Sherlocklock 如果單純做ID轉(zhuǎn)換的，RAP-DB的download界面有個(gè)MSU和RAP的轉(zhuǎn)換表(txt格式)，你可以把它download下來，在R里面用merge函數(shù)進(jìn)行轉(zhuǎn)換，這種方法不用在線抓取，比較快捷。至于你說的缺失的情況，1.可以看一下缺失基因的reads，如果不同樣本之間reads都很低，基本上就可以忽略這個(gè)基因；另外，2.缺失是肯定存在的，每年基因組都在發(fā)生變化，重新測序，重新注釋等，對應(yīng)不上很正常，盡量以最新版的基因組為準(zhǔn)；3.一半的缺失理論上不太可能，檢查一下代碼看看。
[基因組學(xué)]使用biomaRt做水稻ID轉(zhuǎn)換及相關(guān)信息的填充
水稻的基因號大致分為兩類，一類是RAP號，格式為“Os-Chr-g-number”，另一類是MSU號，格式為“LOC_Os-Chr-g-number”。平時(shí)做各種分析時(shí)，需要...
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【R-statistics】方差分析方差分析(ANOVA) 什么是方差分析 模型可以歸納為在解決預(yù)測問題 Q：如何評價(jià)預(yù)測結(jié)果的好壞？A：預(yù)測和模型越接近越好Q：如何刻畫”接近“？A：需要定義”距離“，一般使用...
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【R-statistics】基本統(tǒng)計(jì)量、假設(shè)檢驗(yàn)和置信區(qū)間寫在前面溫習(xí)一下用R做基本統(tǒng)計(jì)的過程。 ======================================緒論：概率？統(tǒng)計(jì)？世界是隨機(jī)的模型 --概率--> 數(shù)據(jù)數(shù)...