腫瘤免疫細(xì)胞浸潤模式是基于TCGA數(shù)據(jù)庫進(jìn)行研究的。首先，簡要介紹免疫細(xì)胞的記憶模式概念。接著，將通過特定的軟件和原理來預(yù)測腫瘤組織中的免疫細(xì)胞種類。 為了進(jìn)行這項(xiàng)研究，需要...
IP屬地：上海
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特朗普看了都說好的腫瘤免疫數(shù)據(jù)挖掘教程 -
努力努力再努力~<br>個(gè)人博客：<a href="https://links.jianshu.com/go?to=https%3A%2F%2Flishensuo.github.io%2F" target="_blank">https://lishensuo.github.io/</a>
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公眾號：誤入BioInfor的大黃鴨
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【r<-方案】TCGA barcode（樣本ID）以及重名過濾我之前在簡書上轉(zhuǎn)載過別人寫的TCGA barcode介紹，這兩天碰到相關(guān)的問題，我看了看，覺得不是很清晰，再說道說道。 接觸和分析過TCGA數(shù)據(jù)的朋友肯定會經(jīng)常處理TCGA ...
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各位大佬，請問TCGA中來自同一個(gè)病人的多個(gè)樣本的問題，在進(jìn)行生存分析和COX分析時(shí)該如何處理呢？
TCGA學(xué)習(xí)03：生存分析
TCGA學(xué)習(xí)01：數(shù)據(jù)下載與整理 - 簡書 [http://www.itdecent.cn/p/79816a20cbb1]TCGA學(xué)習(xí)02：差異分析 - 簡書 [htt...
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周運(yùn)來，男，長大了才會遇到的帥哥，穩(wěn)健，瀟灑，大方，靠譜。一段生信緣，一棵技能樹。生信技能樹核心成員，單細(xì)胞天地供稿人，簡書創(chuàng)作者，單細(xì)胞數(shù)據(jù)科學(xué)家。
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收集一些生物信息學(xué)的分析流程的文章。感謝這些簡友整理的生信分析流程！ 如果簡友投稿沒有被我收入專題，可能是我沒看到或者收入到其他針對性更強(qiáng)的專題中了。望見諒！ ???????????????????????? 文章的收錄是有順序的，查看的時(shí)候請點(diǎn)擊“最新收錄”然后進(jìn)行查看。 ?? 全基因組測序(WGS)分析 ?? 轉(zhuǎn)錄組分析RNA-seq的分析流程 ?? 染色質(zhì)免疫共沉淀技術(shù)ATAC-Seq、ChIP-Seq分析 ?? 單細(xì)胞scRNA-seq分析 ?? 癌癥的預(yù)后標(biāo)志物查找 ?? 系統(tǒng)發(fā)育演化進(jìn)化樹構(gòu)建與分析 ?? 群體遺傳學(xué)分析 ?? 全基因組關(guān)聯(lián)分析(GWAS) ?? 基因家族的分析 ?? 甲基化測序與分析 ?? KEGG/GO功能富集分析 ?? 圖形繪制具體細(xì)節(jié)的比如熱圖、曼哈頓圖的繪制等 ?? python、perl、R的包的使用過程 ?? 具體工具的使用，比如GATK的使用過程 ?? 數(shù)據(jù)庫的挖掘方法，比如TCGA數(shù)據(jù)庫的使用 ?? 另外就是整個(gè)文章走下來的流程 ?? ?? ??
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一行代碼繪制物種組成圖為什么要寫這篇文檔，昨天在教一個(gè)朋友做數(shù)據(jù)可視化發(fā)現(xiàn)即使是16s分析中一個(gè)簡單的物種組成圖對新手來說也是挺難的，數(shù)據(jù)的導(dǎo)入，過濾，格式轉(zhuǎn)換等；這一番操作是實(shí)在是繁瑣，曾經(jīng)有大...
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如何利用NR庫快速進(jìn)行物種鑒定
引言 在做基因或者蛋白質(zhì)功能注釋的時(shí)候，NR數(shù)據(jù)庫包含非常重要的信息。但是有沒有人跟我一樣遇到相同的苦惱，就是在運(yùn)行的時(shí)候特別耗時(shí)，經(jīng)過一番搜索后，發(fā)現(xiàn)可以根據(jù)實(shí)際數(shù)據(jù)建立自...
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15 個(gè)讓新手愛不釋手的 Python 高級庫
為什么我喜歡 Python ？ 對于初學(xué)者來說，這是一種簡單易學(xué)的編程語言；另一個(gè)原因：大量開箱即用的第三方庫，正是 23 萬個(gè)由用戶提供的軟件包使得 Python 真正強(qiáng)大...
