最近剛返校，事情比較多，每天也很忙，之前寫的《基因家族擴(kuò)張與收縮分析及物種進(jìn)化樹構(gòu)建（上）》也一直沒來得及更新，缺少cafe輸出結(jié)果的解讀及后面的可視化。最近在簡書上也收到了...
發(fā)簡信
IP屬地：河南
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基因家族擴(kuò)張與收縮分析及物種進(jìn)化樹構(gòu)建（下） -
使用Paml中的Mcmctree估算物種的分歧時間
最近在做碩士畢業(yè)課題的收尾工作，正好做到了物種分歧時間的部分，雖然之前也做過，但是還是復(fù)習(xí)一遍。 1.安裝Paml 2.配置帶有時間校準(zhǔn)點的系統(tǒng)發(fā)育樹首先說明Mcmctree...
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比較基因組學(xué)-OrthoFinder后進(jìn)行分歧時間估計及R語言繪制樹圖
一、通過 OrthoFinder 生成的單拷貝基因進(jìn)行建樹 比較基因組學(xué)的話，推薦建樹軟件為Raxml。我的運行代碼如下： nohup raxmlHPC-PTHR...
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hisat2、stringtie、ballgown分析RNA-seq數(shù)據(jù)：安裝及使用流程
參考文獻(xiàn):Transcript-level expression analysis of RNA-seq experiments with HISAT, StringTie ...
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生信 | 構(gòu)建物種的OrgDb寫在前面 本文主要參考生信小白2018[http://www.itdecent.cn/p/bb4281e6604e]與多啦A夢的時光機(jī)[https://www.jiansh...
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有參轉(zhuǎn)錄組分析
1hisat2 1.1介紹 ? 總體上來說HISAT利用了BWA和Bowtie的算法，同時解決了mRNA中不存在內(nèi)含子難以比對的問題，比對上代主流RNA-seq比對工具能快5...
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2021-11-06從人見人愛的向日葵說起——Ks與全基因組多倍化事件向日葵是吃瓜群眾喜聞樂見的一種植物，除了能夠長出朵朵葵花向太陽的萌萌大腦袋，還能結(jié)出令人愛不釋手的瓜子，無論干炒、奶油、五香，都很好吃！不僅如此，向日葵還是重要的油料作物，葵...
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全基因組復(fù)制 WGD |（二）Ka/Ks及4Dtv值計算轉(zhuǎn)自：http://www.itdecent.cn/p/9d28de3d18e6[http://www.itdecent.cn/p/9d28de3d18e6] 一、4Dt...
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【基因組】那些接收植物基因組de novo組裝文章的期刊(2021-3-18更新)
2021-3-18 update: 一個新的鐵皮石斛基因組發(fā)表在《藥學(xué)學(xué)報》英文版上，該期刊最新的影響因子為7.0972020-11-18 update: 黃芩和半枝蓮基因組...
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前兩年能投的現(xiàn)在都投不了了，現(xiàn)在投哪些合適呀？
【基因組】那些接收植物基因組de novo組裝文章的期刊(2021-3-18更新)
2021-3-18 update: 一個新的鐵皮石斛基因組發(fā)表在《藥學(xué)學(xué)報》英文版上，該期刊最新的影響因子為7.0972020-11-18 update: 黃芩和半枝蓮基因組...
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多翻翻結(jié)果，文件里有擴(kuò)張收縮基因，提取完之后再去用R做GO分析（這個網(wǎng)上有教程）
基因家族擴(kuò)張與收縮分析及物種進(jìn)化樹構(gòu)建（上）
一、數(shù)據(jù)準(zhǔn)備 首先，選取不同物種的Protein數(shù)據(jù)集：Arabidopsis_thaliana.fa；Citrus_grandis.fa；Dimocarpus_longan...
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從廣州到云南旅游攻略，不用3000~
從廣州到云南旅游攻略，不用3000~ 大家好，我是魯七爺。 今天給大家分享一下去云南旅游的攻略，全程算下來，我都沒用3000，但是玩得好爽。 現(xiàn)在感覺大理的海，大理的天，大理...
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WGD（全基因組復(fù)制）分析——Ka/Ks及4Dtv值計算一、4Dtv（四倍簡并位點顛換率）的定義 4DTV stands for four-fold synonymous (degenerative) third-codon tr...
