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群體遺傳筆記（一）：群體間選擇信號(hào)的檢測及GO注釋從獲取下機(jī)數(shù)據(jù)做質(zhì)控、比對(duì)，到calling snp獲得vcf文件這一步，網(wǎng)上已經(jīng)有非常詳細(xì)的教程，有GATK4.0和全基因組數(shù)據(jù)分析實(shí)踐（上），還有Samtools+bcf...
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2021.11.19 | 群體遺傳結(jié)構(gòu)、PCA、進(jìn)化樹
常見的群體結(jié)構(gòu)的分析方法有admixture分析、系統(tǒng)發(fā)生數(shù)分析以及主成分分析等。 1、admixture分析 1）R語言繪圖 admixture的可視化分為兩種 2）pon...
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學(xué)習(xí)筆記<br>研究方向: 植物群體遺傳學(xué)<br>
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15.KEGG富集分析R語言代碼及5種圖的繪制一、舉例回顧 本節(jié)所使用GSE1009數(shù)據(jù)集，已經(jīng)用limma包進(jìn)行差異分析，現(xiàn)對(duì)DEGs做GO富集分析。 GSE1009數(shù)據(jù)集介紹： 樣本量：共6個(gè)樣本，其中后3個(gè)為糖尿病...
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對(duì)SNP的VCF文件質(zhì)控篩選對(duì)SNP的VCF文件質(zhì)控篩選 1.vcfR簡介 vcfR is a package intended to help visualize, manipulate and qu...
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snp密度圖、treemix、D檢測snp密度圖 treemix畫圖ML樹 D檢測 （ABBA-BABA test） IGV 讀取bam文件 IGV導(dǎo)入基因組和bam文件。genomes>load from f...
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