從獲取下機(jī)數(shù)據(jù)做質(zhì)控、比對，到calling snp獲得vcf文件這一步，網(wǎng)上已經(jīng)有非常詳細(xì)的教程，有GATK4.0和全基因組數(shù)據(jù)分析實(shí)踐（上），還有Samtools+bcf...
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群體遺傳筆記（一）：群體間選擇信號的檢測及GO注釋 -
2021.11.19 | 群體遺傳結(jié)構(gòu)、PCA、進(jìn)化樹
常見的群體結(jié)構(gòu)的分析方法有admixture分析、系統(tǒng)發(fā)生數(shù)分析以及主成分分析等。 1、admixture分析 1）R語言繪圖 admixture的可視化分為兩種 2）pon...
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15.KEGG富集分析R語言代碼及5種圖的繪制一、舉例回顧 本節(jié)所使用GSE1009數(shù)據(jù)集，已經(jīng)用limma包進(jìn)行差異分析，現(xiàn)對DEGs做GO富集分析。 GSE1009數(shù)據(jù)集介紹： 樣本量：共6個(gè)樣本，其中后3個(gè)為糖尿病...
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對SNP的VCF文件質(zhì)控篩選對SNP的VCF文件質(zhì)控篩選 1.vcfR簡介 vcfR is a package intended to help visualize, manipulate and qu...
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snp密度圖、treemix、D檢測snp密度圖 treemix畫圖ML樹 D檢測 （ABBA-BABA test） IGV 讀取bam文件 IGV導(dǎo)入基因組和bam文件。genomes>load from f...
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【R語言與生物信息繪圖】
喜歡這個(gè)勞斯，來看他的生信繪圖課，每一節(jié)就幾分鐘。https://www.bilibili.com/video/BV1XJ411m73p[https://www.bilibi...
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2021-01-05重測序數(shù)據(jù)call SNP 流程
bwa+samtools+picardtools+GATK call SNP 流程[http://www.itdecent.cn/p/938d362fc48d]如何利用重測...
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GWAS分析-說人話（14）- 如何查看SNP的基因型
前言 這年頭，誰還TM的做GWAS～ 今天導(dǎo)師不是想和你看流星雨， 是想和你看看他感興趣SNPs在某個(gè)亞組數(shù)據(jù)中的基因型....... 怎么辦？ I have 一堆SNPs，...
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GWAS - plink介紹與安裝（Mac）此教程寫給像博主一樣的小白，歡迎各路大神批評指正 GWAS GWAS全稱“全基因組關(guān)聯(lián)分析”，使用統(tǒng)計(jì)模型找到與性狀關(guān)聯(lián)的位點(diǎn)，用于分子標(biāo)記選擇（MAS）或者基因定位。簡單來...
