發(fā)簡(jiǎn)信
IP屬地：貴州
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單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組學(xué)分析確定了人類個(gè)體發(fā)育過程中紅細(xì)胞前體中的免疫傾向群體Single-cell transcriptomic analysis identifies an immune-prone populatio...
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非模式物種的RNA速率分析（二）
loom文件生成后就是Seurat結(jié)果和loom文件的整合了可以分為在R中Seurat提取分組及坐標(biāo)信息，以及python中整合loom文本和S...
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非模式物種的RNA速率分析（一）非模式物種真的到處都是bug, 每次出bug我都覺得自己學(xué)藝不精，當(dāng)然也的的確確是學(xué)藝不精。記錄一下RNA速率分析踩過的各種大坑。 RNA速率分...
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模式物種和非模式物種名稱的替換
之前通過Orthofinder進(jìn)行了直系同源物種的比較生成了一個(gè)草魚和人類的同源性比較高的基因的表?，F(xiàn)在需要把草魚單細(xì)胞表達(dá)矩陣中草魚的基因替換...
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跨物種直系同源基因比對(duì)這里還是以草魚和人類比較 1. Orthofinder 是看了一篇2021在NC上發(fā)表的11個(gè)非模式物種單細(xì)胞圖譜，其中涉及到跨物種的一個(gè)比對(duì)方...
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一些R語言的基本概念
R中比較難重點(diǎn)但復(fù)雜的幾個(gè)函數(shù) 示例數(shù)據(jù) ①match匹配兩個(gè)向量，返回第二個(gè)向量在第一個(gè)向量匹配位置的下標(biāo)志 ②%in%x%in%y: 判斷x...
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非模式物種單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組GSEA分析
2022年第一愿：愿天下非模式物種都有數(shù)據(jù)庫(kù)~ 參考 https://cloud.tencent.com/developer/article/1...
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數(shù)據(jù)框1. 數(shù)據(jù)框的屬性 nrow行，rownames()行名ncol列, colnames()列名 2. 數(shù)據(jù)框取子集 ① 數(shù)據(jù)框$列名 按列取子集...
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函數(shù)、參數(shù)和文件保存與讀取
函數(shù) ①形式參數(shù)和實(shí)際參數(shù)：Seq(from=3, to=21, by=3)seq是函數(shù)，括號(hào)內(nèi)的英文是形式參數(shù)，數(shù)字是實(shí)際參數(shù)。②寫函數(shù)的函數(shù)...