不看私信<br>看不到的文章是被簡書鎖了
發(fā)簡信
IP屬地：天津
-
單細胞轉(zhuǎn)錄組學分析確定了人類個體發(fā)育過程中紅細胞前體中的免疫傾向群體Single-cell transcriptomic analysis identifies an immune-prone population in erythroid ...
-
@BINBINCC 您好您好，就是您列出來的這種，比如說有黃色警告，寫著low Fraction Reads in Cells這種，細胞捕獲數(shù)量大致在2000-3000，中位數(shù)大致是1000左右。
Cellranger count 中網(wǎng)頁結(jié)果說明
在cellrangercount運行結(jié)束后，outs文件夾中會有一個名為：web_summary.html的網(wǎng)頁文件，可通過瀏覽器直觀的查看測序數(shù)據(jù)的質(zhì)量如何，一起看看吧！ ...
-
但就是我想問下這種數(shù)據(jù)能使用嗎
Cellranger count 中網(wǎng)頁結(jié)果說明
在cellrangercount運行結(jié)束后，outs文件夾中會有一個名為：web_summary.html的網(wǎng)頁文件，可通過瀏覽器直觀的查看測序數(shù)據(jù)的質(zhì)量如何，一起看看吧！ ...
-
非模式物種的RNA速率分析（二）
loom文件生成后就是Seurat結(jié)果和loom文件的整合了可以分為在R中Seurat提取分組及坐標信息，以及python中整合loom文本和Seurat的信息以及可視化。 ...
-
非模式物種的RNA速率分析（一）非模式物種真的到處都是bug, 每次出bug我都覺得自己學藝不精，當然也的的確確是學藝不精。記錄一下RNA速率分析踩過的各種大坑。 RNA速率分析需要輸入的文件 · Cell...
-
你好，我想請教一下。我想做的是草魚的重復(fù)序列注釋，repeat families這里輸入teleost說是“Ambiguous search term 'Teleost' (found 5 results, 0 exact).Please use a more specific name or taxa ID, which can be looked up with the 'names' command.” 還是說我直接用斑馬魚去做近源物種？
非模式生物重復(fù)序列注釋 RepeatModeler2+RepeatMasker4
首先安裝RepeatModeler2,RepeatMasker4建議直接去官網(wǎng)下載，解壓安裝。同時安裝其他包。安裝流程這里不詳細介紹了，網(wǎng)上有很多。 假設(shè)現(xiàn)在已經(jīng)安裝完畢，并...
-
OrthoFinder 進行直系同源基因分析教程
介紹 OrthoFinder 是一個快速、準確和全面的比較基因組學平臺。 它找到正交群(orthogroups)和直系同源(orthologs)，推斷所有正交群的有根基因樹，...
-
-
-
@歸疚_7d96 看你最后目的是想干啥吧，比如你想通過找單拷貝直系同源基因然后建樹的話可以嘗試用線粒體試一下?；蛘呓档透采w度，用低拷貝。
跨物種直系同源基因比對
這里還是以草魚和人類比較 1. Orthofinder 是看了一篇2021在NC上發(fā)表的11個非模式物種單細胞圖譜，其中涉及到跨物種的一個比對方法。 Orthofinder使...
-
這個我也不是很清楚，其實我做的魚和人的，按理來說物種差異也挺大的，但同源基因有1w多一點。不知道你的物種是什么
跨物種直系同源基因比對
這里還是以草魚和人類比較 1. Orthofinder 是看了一篇2021在NC上發(fā)表的11個非模式物種單細胞圖譜，其中涉及到跨物種的一個比對方法。 Orthofinder使...
-
模式物種和非模式物種名稱的替換
之前通過Orthofinder進行了直系同源物種的比較生成了一個草魚和人類的同源性比較高的基因的表?，F(xiàn)在需要把草魚單細胞表達矩陣中草魚的基因替換成這個表中的人類的基因。 1....
-
【單細胞轉(zhuǎn)錄組】人類B細胞亞群分析Marker基因匯總由于基因表達跟細胞表面蛋白的表達具有時間差，所以要根據(jù)經(jīng)驗具體情況具體分析，內(nèi)容僅供參考 ??哺乳類動物B細胞的分化過程主要可分為前B細胞、不成熟B細胞、 成熟B細胞、活化B...
-
請問一下你找到解決方法了嗎
cellranger使用前數(shù)據(jù)準備
一般來說，我拿到的測序公司給我交付的數(shù)據(jù)是可以直接作為cellranger的input的。 但是也存在命名不規(guī)范，報錯的情況，所以自己需要手動的修改文件的名稱，查資料需要修改...
