前言 來到這里，已經(jīng)漸漸不是人話了... 估計這輩子我也沒有想到，我把我最厭惡的東西寫出來， 居然是最多人看的...... 分析方法很多，這一小節(jié)吐槽官網(wǎng)的這一行代碼，大神請...
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GWAS分析-說人話（20）-單倍體關(guān)聯(lián)分析 -
全基因組重測序流程【超細(xì)致！！】
自己在研究生的第一個項目就是處理重測序數(shù)據(jù)，在做的過程中參考了很多資料，現(xiàn)在把整個重測序的上游分析流程分享給大家，一些關(guān)鍵環(huán)節(jié)已經(jīng)幫大家踩過坑了，相信跟著學(xué)習(xí)實踐一定能夠收獲...
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使用MAKER進行注釋: 訓(xùn)練SNAP基因模型準(zhǔn)備階段 訓(xùn)練SNAP模型，需要準(zhǔn)備三個文件，分別是參考基因組序列，組裝的轉(zhuǎn)錄本序列和同源蛋白序列。 對于參考基因組序列，我們要保證N50需要超過預(yù)期基因長度的中位數(shù)，否則注...
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ggtree繪制進化樹繪制進化樹的方法有很多，入門的MEGA，iTOL，evolview等，但是沒有一個如ggtree這般高效簡單，輕輕松松繪制高端進化樹，廢話不多說，直接看代碼喜歡的小伙伴可以關(guān)...
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使用CMplot包繪制環(huán)形曼哈度圖安裝并加載所需R包 基本用法 常用參數(shù) 加載并查看示例數(shù)據(jù) 基本數(shù)據(jù)格式： 前三列分別為SNP的名稱，所在染色體，SNP的位置，后面每列為不同性狀的P值，每個性狀單獨一列 默...
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用circlize包繪制circos plotcirclize包 circlize包在德國癌癥中心的華人博士Zuguang Gu開發(fā)的，有興趣的可以去看看他的Github主頁。這個包有兩個文檔，一個是介紹基本原理的繪制簡...
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根據(jù)vcf文件計算SNP密度并用circlize可視化結(jié)果參考 收集vcftools所有用法 命令 100000 是指定窗口長度--out 是輸出文件的前綴 使用R語言中的circlize包畫圖 參考 用circlize包繪制cir...
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circos circlize ggbio gviz 等
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收集生物、物理、化學(xué)研究領(lǐng)域的文獻翻譯、文獻解讀等文章。 ?? 生物 ? 物理 ? 化學(xué)
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轉(zhuǎn)錄因子 組蛋白修飾等分析流程
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MSKCC Research Associate<br>別趕不上野心，又辜負(fù)了努力
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個人博客: xuzhougeng.top (隨緣訪問)
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人丑就要多讀書呀
