一、PWM與PFM的介紹 motif指的是轉(zhuǎn)錄因子偏好結(jié)合的DNA序列模式或RNA結(jié)合蛋白偏好結(jié)合的序列模式，一般使用PWM來(lái)表示motif。 制作PWM的過(guò)程如下： 首先計(jì)...
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R語(yǔ)言-制作motif的PWM -
一文讀懂比較基因組學(xué)
隨著基因組測(cè)序爆炸性增長(zhǎng)，比較基因組學(xué)已逐漸成為每個(gè)物種尤其是首次被破譯基因組的物種的必備研究?jī)?nèi)容之一。那么什么是比較基因組學(xué)呢？比較基因組學(xué)是通過(guò)對(duì)系統(tǒng)發(fā)育中的代表性物種之...
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單拷貝直系同源基因構(gòu)建物種進(jìn)化樹(shù)最近用Orthofinder做物種進(jìn)化樹(shù)，最后出來(lái)的物種樹(shù)的結(jié)構(gòu)跟已發(fā)表研究的結(jié)果差距較大，在我的印象里Orthofinder軟件是用單拷貝直系同源基因進(jìn)行建樹(shù)的，然后跟老師...
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gffcompare的使用說(shuō)明參考文獻(xiàn)：Transcript-level expression analysis of RNA-seq experiments with HISAT, StringTie ...
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WGCNA分析，簡(jiǎn)單全面的最新教程本文應(yīng)該是第二全的WGCNA分析教程，參考了最新的文檔。第一全的還在路上，會(huì)出現(xiàn)于生信寶典和宏基因組公眾號(hào)組織的二代三代轉(zhuǎn)錄組測(cè)序分析實(shí)戰(zhàn)班上，歡迎點(diǎn)擊鏈接了解更多。 WGC...
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WGCNA原理簡(jiǎn)介網(wǎng)絡(luò)圖 在傳統(tǒng)的網(wǎng)絡(luò)圖里面，一般分為非權(quán)重網(wǎng)絡(luò)和權(quán)重網(wǎng)絡(luò)對(duì)于非權(quán)重網(wǎng)絡(luò)： 非權(quán)重網(wǎng)絡(luò)的特點(diǎn)是只能表示兩個(gè)點(diǎn)之間是否有關(guān)系，單純的“一刀切”，即只有“有關(guān)系”和“無(wú)關(guān)系”這兩種...
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