一、PWM與PFM的介紹 motif指的是轉(zhuǎn)錄因子偏好結(jié)合的DNA序列模式或RNA結(jié)合蛋白偏好結(jié)合的序列模式,一般使用PWM來表示motif。 制作PWM的過程如下: 首先計(jì)...
一、PWM與PFM的介紹 motif指的是轉(zhuǎn)錄因子偏好結(jié)合的DNA序列模式或RNA結(jié)合蛋白偏好結(jié)合的序列模式,一般使用PWM來表示motif。 制作PWM的過程如下: 首先計(jì)...
隨著基因組測序爆炸性增長,比較基因組學(xué)已逐漸成為每個(gè)物種尤其是首次被破譯基因組的物種的必備研究內(nèi)容之一。那么什么是比較基因組學(xué)呢?比較基因組學(xué)是通過對系統(tǒng)發(fā)育中的代表性物種之...
最近用Orthofinder做物種進(jìn)化樹,最后出來的物種樹的結(jié)構(gòu)跟已發(fā)表研究的結(jié)果差距較大,在我的印象里Orthofinder軟件是用單拷貝直系同源基因進(jìn)行建樹的,然后跟老師...
參考文獻(xiàn):Transcript-level expression analysis of RNA-seq experiments with HISAT, StringTie ...
本文應(yīng)該是第二全的WGCNA分析教程,參考了最新的文檔。第一全的還在路上,會(huì)出現(xiàn)于生信寶典和宏基因組公眾號(hào)組織的二代三代轉(zhuǎn)錄組測序分析實(shí)戰(zhàn)班上,歡迎點(diǎn)擊鏈接了解更多。 WGC...
今天推薦給大家一個(gè)R包WGCNA,針對我們的表達(dá)譜數(shù)據(jù)進(jìn)行分析。 簡單介紹:WGCNA首先假定基因網(wǎng)絡(luò)服從無尺度分布,并定義基因共表達(dá)相關(guān)矩陣、基因網(wǎng)絡(luò)形成的鄰接函數(shù),然后計(jì)...
基因組數(shù)據(jù)的準(zhǔn)備 進(jìn)行全基因水平的基因家族鑒定之前,需要準(zhǔn)備好一套基因組數(shù)據(jù),基因組數(shù)據(jù)可以從公共數(shù)據(jù)庫下載,也可以根據(jù)基因組文獻(xiàn)提供的地址到指定網(wǎng)站進(jìn)行下載。一套完整的數(shù)據(jù)...
基因表達(dá)趨勢分析-1:TCseq[http://www.itdecent.cn/p/b808085c7351] Mfuzz能夠識(shí)別表達(dá)譜的潛在時(shí)間序列模式,并將相似模式的基...
2021年開年第一篇筆記~ 這篇筆記主要記錄DiffBind包的學(xué)習(xí)。在很久以前我寫過一篇ATAC-seq分析流程(ATAC-seq分析練習(xí)[https://www.jian...
單順反子(monocistron):真核基因轉(zhuǎn)錄產(chǎn)物為單順反子,即一個(gè)基因編碼一條多肽鏈或RNA鏈,每個(gè)基因轉(zhuǎn)錄有各自的調(diào)節(jié)元件。 多順反子(polycistronicmRN...
群體遺傳學(xué)介紹 傳統(tǒng)群體遺傳學(xué)是基于觀察到的等位基因頻率與預(yù)期頻率的分析。例如,在Wright-Fisher模型下,你可能會(huì)看到有性繁殖的二倍體個(gè)體群體,而且這些種群沒有重疊...
目錄 1. 標(biāo)準(zhǔn)化 1.1. House-keeping gene(s) 1.2. spike-in 1.3. CPM 1.4. TCS 1.5. Quantile 1.6....
Normalization 差異基因分析工作流程的第一步是計(jì)數(shù)歸一化,這對于準(zhǔn)確比較樣品之間的基因表達(dá)是必需的。 RNA-Seq(RNA測序的縮寫)是一種實(shí)驗(yàn)類型,可讓我們測...
什么是Phasing? Phasing,或者說Genotype Phasing,它的中文名有很多:基因定相、基因分型、單倍體分型、單倍體構(gòu)建等在不同的語境下都有人說過。但不管...