一、PWM與PFM的介紹 motif指的是轉(zhuǎn)錄因子偏好結(jié)合的DNA序列模式或RNA結(jié)合蛋白偏好結(jié)合的序列模式，一般使用PWM來表示motif。 制作PWM的過程如下： 首先計...
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R語言-制作motif的PWM -
一文讀懂比較基因組學(xué)
隨著基因組測序爆炸性增長，比較基因組學(xué)已逐漸成為每個物種尤其是首次被破譯基因組的物種的必備研究內(nèi)容之一。那么什么是比較基因組學(xué)呢？比較基因組學(xué)是通過對系統(tǒng)發(fā)育中的代表性物種之...
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單拷貝直系同源基因構(gòu)建物種進化樹最近用Orthofinder做物種進化樹，最后出來的物種樹的結(jié)構(gòu)跟已發(fā)表研究的結(jié)果差距較大，在我的印象里Orthofinder軟件是用單拷貝直系同源基因進行建樹的，然后跟老師...
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gffcompare的使用說明參考文獻：Transcript-level expression analysis of RNA-seq experiments with HISAT, StringTie ...
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WGCNA分析，簡單全面的最新教程本文應(yīng)該是第二全的WGCNA分析教程，參考了最新的文檔。第一全的還在路上，會出現(xiàn)于生信寶典和宏基因組公眾號組織的二代三代轉(zhuǎn)錄組測序分析實戰(zhàn)班上，歡迎點擊鏈接了解更多。 WGC...
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基因共表達網(wǎng)絡(luò)分析-WGCNA
今天推薦給大家一個R包WGCNA，針對我們的表達譜數(shù)據(jù)進行分析。 簡單介紹：WGCNA首先假定基因網(wǎng)絡(luò)服從無尺度分布，并定義基因共表達相關(guān)矩陣、基因網(wǎng)絡(luò)形成的鄰接函數(shù)，然后計...
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基因家族分析（1）數(shù)據(jù)準備及軟件安裝基因組數(shù)據(jù)的準備 進行全基因水平的基因家族鑒定之前，需要準備好一套基因組數(shù)據(jù)，基因組數(shù)據(jù)可以從公共數(shù)據(jù)庫下載，也可以根據(jù)基因組文獻提供的地址到指定網(wǎng)站進行下載。一套完整的數(shù)據(jù)...
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基因表達趨勢分析-2：Mfuzz基因表達趨勢分析-1：TCseq[http://www.itdecent.cn/p/b808085c7351] Mfuzz能夠識別表達譜的潛在時間序列模式，并將相似模式的基...
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如何提取ATAC-seq數(shù)據(jù)的差異peaks?（DiffBind包的使用）2021年開年第一篇筆記~ 這篇筆記主要記錄DiffBind包的學(xué)習(xí)。在很久以前我寫過一篇ATAC-seq分析流程（ATAC-seq分析練習(xí)[https://www.jian...
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多順反子：IRES和2A Peptides
單順反子（monocistron）:真核基因轉(zhuǎn)錄產(chǎn)物為單順反子，即一個基因編碼一條多肽鏈或RNA鏈，每個基因轉(zhuǎn)錄有各自的調(diào)節(jié)元件。 多順反子（polycistronicmRN...
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群體遺傳學(xué)習(xí)筆記-基礎(chǔ)知識
群體遺傳學(xué)介紹 傳統(tǒng)群體遺傳學(xué)是基于觀察到的等位基因頻率與預(yù)期頻率的分析。例如，在Wright-Fisher模型下，你可能會看到有性繁殖的二倍體個體群體，而且這些種群沒有重疊...
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FPKM/RPKM都是錯的，那還有哪些標(biāo)準化方法目錄 1. 標(biāo)準化 1.1. House-keeping gene(s) 1.2. spike-in 1.3. CPM 1.4. TCS 1.5. Quantile 1.6....
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RNA seq 標(biāo)準化 不同方式
Normalization 差異基因分析工作流程的第一步是計數(shù)歸一化，這對于準確比較樣品之間的基因表達是必需的。 RNA-Seq（RNA測序的縮寫）是一種實驗類型，可讓我們測...
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人類基因組的Phasing原理是什么？什么是Phasing？ Phasing，或者說Genotype Phasing，它的中文名有很多：基因定相、基因分型、單倍體分型、單倍體構(gòu)建等在不同的語境下都有人說過。但不管...
