一、PWM與PFM的介紹 motif指的是轉錄因子偏好結合的DNA序列模式或RNA結合蛋白偏好結合的序列模式，一般使用PWM來表示motif。 制作PWM的過程如下： 首先計...
發(fā)簡信
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R語言-制作motif的PWM -
一文讀懂比較基因組學
隨著基因組測序爆炸性增長，比較基因組學已逐漸成為每個物種尤其是首次被破譯基因組的物種的必備研究內容之一。那么什么是比較基因組學呢？比較基因組學是通過對系統(tǒng)發(fā)育中的代表性物種之...
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單拷貝直系同源基因構建物種進化樹最近用Orthofinder做物種進化樹，最后出來的物種樹的結構跟已發(fā)表研究的結果差距較大，在我的印象里Orthofinder軟件是用單拷貝直系同源基因進行建樹的，然后跟老師...
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gffcompare的使用說明參考文獻：Transcript-level expression analysis of RNA-seq experiments with HISAT, StringTie ...
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WGCNA分析，簡單全面的最新教程本文應該是第二全的WGCNA分析教程，參考了最新的文檔。第一全的還在路上，會出現(xiàn)于生信寶典和宏基因組公眾號組織的二代三代轉錄組測序分析實戰(zhàn)班上，歡迎點擊鏈接了解更多。 WGC...
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基因共表達網(wǎng)絡分析-WGCNA
今天推薦給大家一個R包WGCNA，針對我們的表達譜數(shù)據(jù)進行分析。 簡單介紹：WGCNA首先假定基因網(wǎng)絡服從無尺度分布，并定義基因共表達相關矩陣、基因網(wǎng)絡形成的鄰接函數(shù)，然后計...
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基因家族分析（1）數(shù)據(jù)準備及軟件安裝基因組數(shù)據(jù)的準備 進行全基因水平的基因家族鑒定之前，需要準備好一套基因組數(shù)據(jù)，基因組數(shù)據(jù)可以從公共數(shù)據(jù)庫下載，也可以根據(jù)基因組文獻提供的地址到指定網(wǎng)站進行下載。一套完整的數(shù)據(jù)...
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基因表達趨勢分析-2：Mfuzz基因表達趨勢分析-1：TCseq[http://www.itdecent.cn/p/b808085c7351] Mfuzz能夠識別表達譜的潛在時間序列模式，并將相似模式的基...
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如何提取ATAC-seq數(shù)據(jù)的差異peaks?（DiffBind包的使用）2021年開年第一篇筆記~ 這篇筆記主要記錄DiffBind包的學習。在很久以前我寫過一篇ATAC-seq分析流程（ATAC-seq分析練習[https://www.jian...
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多順反子：IRES和2A Peptides
單順反子（monocistron）:真核基因轉錄產物為單順反子，即一個基因編碼一條多肽鏈或RNA鏈，每個基因轉錄有各自的調節(jié)元件。 多順反子（polycistronicmRN...
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群體遺傳學習筆記-基礎知識
群體遺傳學介紹 傳統(tǒng)群體遺傳學是基于觀察到的等位基因頻率與預期頻率的分析。例如，在Wright-Fisher模型下，你可能會看到有性繁殖的二倍體個體群體，而且這些種群沒有重疊...
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FPKM/RPKM都是錯的，那還有哪些標準化方法目錄 1. 標準化 1.1. House-keeping gene(s) 1.2. spike-in 1.3. CPM 1.4. TCS 1.5. Quantile 1.6....
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RNA seq 標準化 不同方式
Normalization 差異基因分析工作流程的第一步是計數(shù)歸一化，這對于準確比較樣品之間的基因表達是必需的。 RNA-Seq（RNA測序的縮寫）是一種實驗類型，可讓我們測...
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人類基因組的Phasing原理是什么？什么是Phasing？ Phasing，或者說Genotype Phasing，它的中文名有很多：基因定相、基因分型、單倍體分型、單倍體構建等在不同的語境下都有人說過。但不管...
