了解過(guò)vcf文件的格式之后，對(duì)親本純合且差異的位點(diǎn)進(jìn)行過(guò)濾就變得簡(jiǎn)單多了。如果格式規(guī)范的話一行awk命令其實(shí)就能解決。這里為了提高腳本的適用范圍，所以寫(xiě)的稍微麻煩了些。 腳本...
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vcf文件過(guò)濾親本純合且差異位點(diǎn)
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3.2 GWAS：最佳線性無(wú)偏估計(jì)量——BLUE值計(jì)算（多年單點(diǎn)有重復(fù)）
GWAS中使用均值、BLUP值還是BLUE值，鄧飛老師有兩篇帖子進(jìn)行了介紹，鏈接如下，根據(jù)我的數(shù)據(jù)，我選擇了BLUE值。在這里提醒大家，不要一上來(lái)就忽略所有warning，很...
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基因挖掘之BSA (Bulk segregation analysis)BSA作為基因組學(xué)中基因挖掘的三板斧之一，最大優(yōu)點(diǎn)是高效、經(jīng)濟(jì)、簡(jiǎn)便。通過(guò)選擇雙親群體分離后代中具有極端表型的個(gè)體進(jìn)行混樣，然后比較不同極端混樣池之間的多態(tài)性并結(jié)合表型進(jìn)行目...
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真核生物的轉(zhuǎn)錄起始（2）課件來(lái)源：7.3.2 真核生物的轉(zhuǎn)錄過(guò)程（2）_嗶哩嗶哩_bilibili[https://www.bilibili.com/video/BV1h741157zC?p=84]...
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站內(nèi)、外較好的GWAS教程整理
開(kāi)門(mén)見(jiàn)山：GWAS 總體流程理解版 - 簡(jiǎn)書(shū)[http://www.itdecent.cn/p/c0a032a8e7d5]全基因組重測(cè)序基礎(chǔ)及高級(jí)分析知識(shí)匯總 - 知乎[h...
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1.GWAS：原理與目的全基因組關(guān)聯(lián)分析（Genome-Wide Association Study， GWAS）是以連鎖不平衡（LD）為基礎(chǔ)，利用全基因組范圍內(nèi)群體中高密度的分子標(biāo)記，鑒定與復(fù)雜性...
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ggplot2中facet_wrap( )的高階用法介紹ggplot2中facet_wrap( )函數(shù)中l(wèi)abeller 參數(shù)的用法 labeller參數(shù)，可以使用它來(lái)處理太長(zhǎng)的facet標(biāo)簽 同時(shí)顯示變量名稱與因子值 顯示因...
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一文讀懂比較基因組學(xué)
隨著基因組測(cè)序爆炸性增長(zhǎng)，比較基因組學(xué)已逐漸成為每個(gè)物種尤其是首次被破譯基因組的物種的必備研究?jī)?nèi)容之一。那么什么是比較基因組學(xué)呢？比較基因組學(xué)是通過(guò)對(duì)系統(tǒng)發(fā)育中的代表性物種之...
