find . -maxdepth 1 -type f -name "*.g.vcf.gz" ! -name "*interval*" -exec mv {} 02.gvcf/ \;
發(fā)簡(jiǎn)信
IP屬地：山東
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2025-08-31要將當(dāng)前文件夾內(nèi)所有不包含 interval 的 .g.vcf.gz 文件移動(dòng)到 02.gvcfs 目錄
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export PHYLOFLASH_DBHOME=/disks/node1_58TB/BioDB/138.1/
2020-11-16 phyloflash宏基因組中細(xì)菌16s rRNA組裝分析
export PHYLOFLASH_DBHOME=/nfs_genome/BioDB/138.1/ conda activate phyloflash for id in `...
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for id in $(ls *.fq1.gz | sed 's/.fq1.gz//'); do echo " phyloFlash.pl -lib $id -everything -read1 $id.fq1.gz -read2 $id.fq2.gz "; done> phyloflash.sh
2020-11-16 phyloflash宏基因組中細(xì)菌16s rRNA組裝分析
export PHYLOFLASH_DBHOME=/nfs_genome/BioDB/138.1/ conda activate phyloflash for id in `...
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2025-06-30選擇消除分析
1、群體區(qū)分 將每個(gè)群體中所包含的個(gè)體一行一個(gè)，生成popA，popB文件 2、vcftools進(jìn)行對(duì)snp文件進(jìn)行劃窗計(jì)算fst和pi 窗口大小設(shè)置為1 Mbp，步長(zhǎng)為0....
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群體進(jìn)化選擇消除分析要做選擇性消除分析，首先就要把如下的理論記住熟記于心。 中性進(jìn)化假說(shuō)： 分子水平上，生物的演化或物種的進(jìn)化并不是自然選擇引起的，而是由中性/近中性的突變等位基因經(jīng)過(guò)遺傳漂變引...
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基因流分析——Treemix基本概念： 基因流（也稱基因遷移） 是指從一個(gè)物種的一個(gè)種群向另一個(gè)種群引入新的遺傳物質(zhì)，從而改變?nèi)后w“基因庫(kù)”的組成。通過(guò)基因交流向群體中引入新的等位基因，是遺傳變異一個(gè)非...
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2025-05-27 vcf文件建樹(shù)
gstacks -I aligned/ -M ../../00.extracted/pop_newall1.txt -t 32 -O gstacks_out/ ./stack...
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2025-05-23 Treemix
vcf2treemix.sh $FILE.vcf.gz $FILE.clust .clust 格式是三列，第一列和第二列相同均為樣品名稱，第三列是樣品所屬的群體信息 利用生成...
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無(wú)參轉(zhuǎn)錄組序列組裝 — Trinity轉(zhuǎn)錄組分析策略 轉(zhuǎn)錄組分析策略根據(jù)有無(wú)參考轉(zhuǎn)錄組可以分為兩類： 有參比對(duì)—定量—差異分析—功能富集分析等 無(wú)參組裝—定量—差異分析—功能富集分析等image 無(wú)參考轉(zhuǎn)錄組序列...
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2024-12-17添加用戶以及分配磁盤配額
使用user_modify.py 建立新用戶之后， 使用sacctmgr add user User=xxx Account=normal 命令添加用戶到slurm系統(tǒng)可以提...
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2024-10-31獲取文件夾內(nèi)未生成bam的文件
ls *.fq.gz | while read f; do b="${f%.fq.gz}.bam"; if [ ! -f "$b" ]; then echo "$f"; fi...
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重測(cè)序數(shù)據(jù)（簡(jiǎn)化基因組和非簡(jiǎn)化基因組）的Clean data 到snp-indel的vcf步驟
最近有多個(gè)朋友問(wèn)我關(guān)于二代重測(cè)序數(shù)據(jù)的分析問(wèn)題（clean data 到vcf），我寫了一個(gè)完整的步驟如下，若你是多個(gè)樣品進(jìn)行分析，最好是寫 循環(huán)語(yǔ)句，這里我僅舉一個(gè)例子“s...
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RNA-seq 數(shù)據(jù)處理（二）StringTie 轉(zhuǎn)錄本組裝StringTie 是用于 RNA-seq 的轉(zhuǎn)錄本組裝和定量軟件。 本文只是個(gè)筆記記錄，更詳細(xì)的內(nèi)容還是要看說(shuō)明書。 StringTie: Transcript assem...
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三代pacbio hifi序列基因組組裝與去冗余
1. bam2fasta -o xx.ccs.bam 2.hifiasm -o xjg04 -t 50 --hg-size 1.5g xjg.hifi.original.fa...
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利用purge_haplotigs去雜合當(dāng)基因組某些區(qū)域可能有著比較高的雜合度，這會(huì)導(dǎo)致基因組該區(qū)域的兩個(gè)單倍型被分別組裝成primary contig， 而不是一個(gè)為primary contig， 另一個(gè)是ass...
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2024-07-24 CD-hit，seqkit 按照ID提取序列的應(yīng)用
宏基因組二代測(cè)序結(jié)果binning之后的序列可能存在重復(fù)，首先使用prokka將binning后的序列轉(zhuǎn)化為蛋白序列， 再使用CD-hit 命令默認(rèn)參數(shù)將序列進(jìn)行去重復(fù) 然后...
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用k-mer分析進(jìn)行基因組調(diào)查：（一）基本原理（全文5058字） 【推薦】用Smudgeplot評(píng)估物種倍性后，用組合jellyfish+GenomeScope1.0做二倍體物種的基因組調(diào)查，用組合KMC+GenomeS...
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2024-01-09 修改不同文件夾下的相同命名的文件
for file in */umap.svg; do mv "$file" "$(dirname "$file")/$(basename $(dirname "$file")...
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2023-12-30列舉以 .fa 結(jié)尾的文件，并使用空格將文件名合并為一行
ls *.fa | paste -sd " "解釋一下 查看其他草稿 該命令由兩部分組成： ls *.fa：列出文件夾中所有以 .fa 結(jié)尾的文件。 paste -sd " ...
