本次配置的環(huán)境是Linux版本的R studio server。直接install_github("jmzeng1314/AnnoProbe")安裝出現(xiàn)installatio...
發(fā)簡信
IP屬地：青海
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解決Linux Rstudio server 安裝AnnoProbe報錯
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@ACh_20d2 根據(jù)提供的教程，應該是cor_dist
#' Generates a distance matrix using the square root of (1 - spearman).
#'
#' @param dat.mat Matrix of data (features X samples).
#' @return Distance structure.
#' @export
cor_dist <- function(dat.mat) {
dist.mat <- as.dist(sqrt(1 - cor(dat.mat, method = 'spearman')))
return(dist.mat)
}基于單細胞測序的蛋白活性推斷（PISCES）分析流程筆記，凎！
寫在前面 感謝califano-lab[https://github.com/califano-lab]團隊將代碼無私的分享出來=。=！ 本流程需要一點點R語言與linux基...
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請問各位大佬，“RegProcess('pisces-1-net-final.tsv', mat1, out.dir = 'tutorial/', out.name = 'pisces-1-net-')” 這里的mat1是不是 pisces1 <- readRDS('pisces-clust_aracne-mats/pisces-1-arac.rds')？。如果是，在運行過程中連續(xù)出現(xiàn)WARNING! NOT CONVERGENT! number of iterations= 1000 是哪里出了問題？
基于單細胞測序的蛋白活性推斷（PISCES）分析流程筆記，凎！
寫在前面 感謝califano-lab[https://github.com/califano-lab]團隊將代碼無私的分享出來=。=！ 本流程需要一點點R語言與linux基...
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不看私信<br>看不到的文章是被簡書鎖了
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周運來，男，長大了才會遇到的帥哥，穩(wěn)健，瀟灑，大方，靠譜。一段生信緣，一棵技能樹。生信技能樹核心成員，單細胞天地供稿人，簡書創(chuàng)作者，單細胞數(shù)據(jù)科學家。
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公眾號：TOP生物信息<br>B站：TOP菌<br>WeChat：TOPJUN996<br><br>top2讀研，學習方向：癌癥基因組、腫瘤免疫、單細胞組學
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生信阿拉丁，為實用而生
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收集一些生物信息學的分析流程的文章。感謝這些簡友整理的生信分析流程！ 如果簡友投稿沒有被我收入專題，可能是我沒看到或者收入到其他針對性更強的專題中了。望見諒！ ???????????????????????? 文章的收錄是有順序的，查看的時候請點擊“最新收錄”然后進行查看。 ?? 全基因組測序(WGS)分析 ?? 轉(zhuǎn)錄組分析RNA-seq的分析流程 ?? 染色質(zhì)免疫共沉淀技術ATAC-Seq、ChIP-Seq分析 ?? 單細胞scRNA-seq分析 ?? 癌癥的預后標志物查找 ?? 系統(tǒng)發(fā)育演化進化樹構(gòu)建與分析 ?? 群體遺傳學分析 ?? 全基因組關聯(lián)分析(GWAS) ?? 基因家族的分析 ?? 甲基化測序與分析 ?? KEGG/GO功能富集分析 ?? 圖形繪制具體細節(jié)的比如熱圖、曼哈頓圖的繪制等 ?? python、perl、R的包的使用過程 ?? 具體工具的使用，比如GATK的使用過程 ?? 數(shù)據(jù)庫的挖掘方法，比如TCGA數(shù)據(jù)庫的使用 ?? 另外就是整個文章走下來的流程 ?? ?? ??
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從0開始，包括軟件安裝，環(huán)境設置，原始數(shù)據(jù)下載，轉(zhuǎn)換，差異基因分析等整個流程
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中科院上海生科院碩博連讀生。<br>
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生信技能樹，生信菜鳥團，jimmy
