-2. 在一篇講泥炭蘚的MBE看到了dfoil的使用 《Extensive Genome-Wide Phylogenetic Discordance Is Due to In...
發(fā)簡信
IP屬地：天津
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Dfoil - 推斷祖先基因流 -
2021-09-17比較基因組1. 基因家族聚類 基因家族是來源于同一個祖先，由一個基因通過基因重復(fù)和物種分歧而產(chǎn)生兩個或更多的拷貝而構(gòu)成的一組基因，它們在結(jié)構(gòu)和功能上具有明顯的相似性，編碼相似的蛋白質(zhì)產(chǎn)...
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提取最長轉(zhuǎn)錄本由于可變剪切一個基因得到好多個序列長度不同的轉(zhuǎn)錄本，應(yīng)該挑選出序列最長的最長轉(zhuǎn)錄本作為數(shù)據(jù)的分析 看一下有規(guī)律的蛋白文件命名，一般是以下形式 寫個腳本提取 使用TransDe...
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比較基因組分析-數(shù)據(jù)準(zhǔn)備
比較基因組分析，首先需要選定要比較的物種，然后下載這些物種的基因組數(shù)據(jù)。 基因組數(shù)據(jù)準(zhǔn)備 數(shù)據(jù)準(zhǔn)備1.基因結(jié)構(gòu)注釋文件， gff/gtf格式2.蛋白序列文件，fasta格式3...
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OrthoFinder一、OrthoFinder 及 聚類結(jié)果統(tǒng)計作圖 在比較基因組學(xué)研究中，直系同源基因（Orthologs）的鑒定是揭示物種進化關(guān)系、基因功能分化的基石。然而傳統(tǒng)工具如 InP...
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比較基因組學(xué)利器之OrthoVenn2-轉(zhuǎn)載在線工具 OrthoVenn2 使用筆記 文字轉(zhuǎn)自：https://www.sohu.com/a/338678088_652735 全基因組直系同源基因簇（Orthologo...
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一文讀懂比較基因組學(xué)
隨著基因組測序爆炸性增長，比較基因組學(xué)已逐漸成為每個物種尤其是首次被破譯基因組的物種的必備研究內(nèi)容之一。那么什么是比較基因組學(xué)呢？比較基因組學(xué)是通過對系統(tǒng)發(fā)育中的代表性物種之...
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比較基因組學(xué)分析1：構(gòu)建單拷貝基因樹比較基因組學(xué)分析目錄 1：單拷貝基因構(gòu)建物種樹以及計算分化時間[http://www.itdecent.cn/p/10bb4410ae3d]2：基因家族收縮與擴張分析[ht...
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比較基因組學(xué)分析2：基因家族收縮與擴張分析比較基因組學(xué)分析目錄 1：單拷貝基因構(gòu)建物種樹以及計算分化時間[http://www.itdecent.cn/p/10bb4410ae3d]2：基因家族收縮與擴張分析[ht...
