-2. 在一篇講泥炭蘚的MBE看到了dfoil的使用 《Extensive Genome-Wide Phylogenetic Discordance Is Due to In...
發(fā)簡信
IP屬地：天津
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Dfoil - 推斷祖先基因流 -
2021-09-17比較基因組1. 基因家族聚類 基因家族是來源于同一個(gè)祖先，由一個(gè)基因通過基因重復(fù)和物種分歧而產(chǎn)生兩個(gè)或更多的拷貝而構(gòu)成的一組基因，它們在結(jié)構(gòu)和功能上具有明顯的相似性，編碼相似的蛋白質(zhì)產(chǎn)...
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提取最長轉(zhuǎn)錄本由于可變剪切一個(gè)基因得到好多個(gè)序列長度不同的轉(zhuǎn)錄本，應(yīng)該挑選出序列最長的最長轉(zhuǎn)錄本作為數(shù)據(jù)的分析 看一下有規(guī)律的蛋白文件命名，一般是以下形式 寫個(gè)腳本提取 使用TransDe...
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比較基因組分析-數(shù)據(jù)準(zhǔn)備
比較基因組分析，首先需要選定要比較的物種，然后下載這些物種的基因組數(shù)據(jù)。 基因組數(shù)據(jù)準(zhǔn)備 數(shù)據(jù)準(zhǔn)備1.基因結(jié)構(gòu)注釋文件， gff/gtf格式2.蛋白序列文件，fasta格式3...
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OrthoFinder一、OrthoFinder 及 聚類結(jié)果統(tǒng)計(jì)作圖 在比較基因組學(xué)研究中，直系同源基因（Orthologs）的鑒定是揭示物種進(jìn)化關(guān)系、基因功能分化的基石。然而傳統(tǒng)工具如 InP...
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比較基因組學(xué)利器之OrthoVenn2-轉(zhuǎn)載在線工具 OrthoVenn2 使用筆記 文字轉(zhuǎn)自：https://www.sohu.com/a/338678088_652735 全基因組直系同源基因簇（Orthologo...
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一文讀懂比較基因組學(xué)
隨著基因組測序爆炸性增長，比較基因組學(xué)已逐漸成為每個(gè)物種尤其是首次被破譯基因組的物種的必備研究內(nèi)容之一。那么什么是比較基因組學(xué)呢？比較基因組學(xué)是通過對系統(tǒng)發(fā)育中的代表性物種之...
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比較基因組學(xué)分析1：構(gòu)建單拷貝基因樹比較基因組學(xué)分析目錄 1：單拷貝基因構(gòu)建物種樹以及計(jì)算分化時(shí)間[http://www.itdecent.cn/p/10bb4410ae3d]2：基因家族收縮與擴(kuò)張分析[ht...
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比較基因組學(xué)分析2：基因家族收縮與擴(kuò)張分析比較基因組學(xué)分析目錄 1：單拷貝基因構(gòu)建物種樹以及計(jì)算分化時(shí)間[http://www.itdecent.cn/p/10bb4410ae3d]2：基因家族收縮與擴(kuò)張分析[ht...
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vcf格式轉(zhuǎn)fasta格式
參考此網(wǎng)站改善的：http://www.itdecent.cn/p/a23d6f1226a1 ## 這個(gè)比較簡單好用。 ## 第一步 cd /datapool/gesong...
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關(guān)于SNP的過濾（1）：如何使用vcftools進(jìn)行SNP過濾
前言 很多關(guān)注我這個(gè)專題的朋友都在后臺留言，說想了解更多關(guān)于SNP過濾的東西。是的，確實(shí)這是一個(gè)比較重要的問題。第一，過濾到一些低質(zhì)量的SNP可以防止calling一些假陽性...
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基于orthofinder 結(jié)果構(gòu)建物種樹
串聯(lián)法 orthofinder 已經(jīng)生成好單拷貝基因串聯(lián)的序列，可以直接使用。找到orthofinder 已經(jīng)生成好單拷貝基因串聯(lián)的序列，SpeciesTreeAlignme...
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2019-05-21-多基因聯(lián)合建樹軟件astral方法
description astral是基于java開發(fā)的根據(jù)一組無根的genetrees建立speciestree。 tutorial steps installation ...
