轉錄因子 (transcription factors, TFs) 是直接作用于基因組，與特定DNA序列結合 (TFBS/motif) ，調控DNA轉錄過程的一類蛋白質。轉錄...
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scRNA-Seq | SCENIC 推斷基因調控網絡和細胞類型 -
SRA數(shù)據(jù)(2)------SRA數(shù)據(jù)處理
上次分享我們通過兩種方式下載得到了SRA數(shù)據(jù)，今天就開始對SRA進行處理（以SRR5489805為例）。SRA（Sequence ReadArchive）數(shù)據(jù)庫是用于存儲二代...
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MAC版: 保姆式SRA Toolkit下載原始數(shù)據(jù)
本期和大家分享科研菌在使用SRA Toolkit下載NCBI-SRA原始數(shù)據(jù)的一些Tips，時間寶貴，直接上干貨。 1.明確Project：SRP119720，打開瀏覽器，輸...
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石蠟包埋組織DNA如何提取
BIOG操作步驟： 1. 請自行準備：無水乙醇、生理鹽水、二甲苯及1.5mL離心管。 2. 取出析出液和洗滌液，按以下操作：a) 析出液：4.5mL加入25.5mL無水乙醇，...
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單細胞測序揭示成纖維細胞（fibroblast ）異質性隨著單細胞數(shù)據(jù)的不斷積累和轉化，拿一個組織畫個圖譜的草莽時代已經基本一去不復返了。往深了做的一個方面就是做某個細胞類型的圖譜。特別是對那些異質性較高的細胞類型。 例如，我們熟...
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繪圖操作之ggstatsplot（高級繪圖，基礎知識）
最近年中總結，我們來分享一些繪圖的操作，基礎知識，多多學習 今天我們分享的是R包ggstatsplot，非常完美的一個繪圖R包，我們來看看這個包的繪圖能力。 1. R包的安裝...
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AUCell：計算單細胞轉錄組的每個細胞中特定基因集的活性程度AUC允許在單細胞rna數(shù)據(jù)集中識別具有活性基因集（如gene signature,gene module）的細胞。AUCell使用曲線下面積來計算輸入基因集的一個關鍵子集是...
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10X單細胞（10X空間轉錄組）基因集打分方法匯總
hello，大家好，今天周一，做一個簡單的匯總，主要針對基因集打分，無論是單細胞還是空間，基因集打分都很普遍，方法也很多，我們來總結一下。 研究背景 在單細胞轉錄組測序中，整...
