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基因組文章構(gòu)成1.genome survey 數(shù)據(jù)過(guò)濾去除測(cè)序原始數(shù)據(jù)中可能包含低質(zhì)量、接頭污染以及含 N 過(guò)高的 reads NT比對(duì)通過(guò)BLAST對(duì)下機(jī)數(shù)據(jù)過(guò)濾后的有效數(shù)據(jù)進(jìn)行 NT ...
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從零開(kāi)始學(xué)Circos繪制圈圖（一）一般基因組文章都會(huì)有下面這種酷炫圖，用來(lái)描述基因組的基因密度分布，轉(zhuǎn)座子的密度分布，和其他物種或者多倍體的多套染色體間的共線性關(guān)系，以及其他各種你只要測(cè)序就能加上的信息，比如...
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個(gè)人博客: xuzhougeng.top (隨緣訪問(wèn))
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HZAU植科院農(nóng)學(xué)本科畢業(yè)生<br>HZAU信息學(xué)院生信專業(yè)碩士畢業(yè)生<br>目前就職于國(guó)內(nèi)某知名藥企數(shù)據(jù)分析崗位<br>主要擅長(zhǎng)SAS,R,Python,Linux,Shell,Power BI,Power automatic<br>對(duì)爬蟲(chóng)、網(wǎng)站搭建感興趣<br><br>歡迎一起討論呀~<br>簡(jiǎn)書(shū)不定時(shí)查看，有需要?dú)g迎知乎私信:<br><a href="https://links.jianshu.com/go?to=https%3A%2F%2Fwww.zhihu.com%2Fpeople%2Fcao-kai-30-84" target="_blank">https://www.zhihu.com/people/cao-kai-30-84</a>
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好的！感謝感謝！
pse-genome（偽基因組）的制作
最近做課題，要做pse-genome。什么意思呢，就是要把某個(gè)個(gè)體call出來(lái)的snp替換掉參考基因組對(duì)應(yīng)位置的堿基。這個(gè)剛開(kāi)始接觸的時(shí)候，頭皮發(fā)麻，不知道咋入手。后來(lái)發(fā)現(xiàn)用...
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專注WGBS Chipseq等數(shù)據(jù)分析<br>perl python R腳本編輯處理數(shù)據(jù)
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植物：<br>細(xì)胞遺傳<br>系統(tǒng)進(jìn)化<br>wudandan90@163.com
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繪制 SNP 密度圖一般使用 CMplot 繪制SNP密度圖：包鏈接：https://github.com/YinLiLin/R-CMplot 要繪制 SNP 密度圖，僅僅需要三列即可：a. 第...
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Markdown基本語(yǔ)法Markdown是一種純文本格式的標(biāo)記語(yǔ)言。通過(guò)簡(jiǎn)單的標(biāo)記語(yǔ)法，它可以使普通文本內(nèi)容具有一定的格式。 相比WYSIWYG編輯器 優(yōu)點(diǎn)：1、因?yàn)槭羌兾谋荆灾灰С諱arkd...
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GATK4已經(jīng)省了這兩步了，全都整合在了HaplotypeCaller里面
bwa+samtools+picardtools+GATK call SNP 流程
call SNP GATK bwa+samtools 參考文檔 一、原始數(shù)據(jù)處理 測(cè)序得到的RAW DATA，使用NGSQCToolkit進(jìn)行過(guò)濾$PATH/Il...
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大神，您好！冒昧的打擾，請(qǐng)教個(gè)問(wèn)題。我在用bismark比對(duì)的時(shí)候，調(diào)用bowtie2報(bào)錯(cuò)，以前是可以跑通的，請(qǐng)問(wèn)遇到過(guò)這種問(wèn)題嗎？報(bào)錯(cuò)如下：Error reading _ebwt[] array: 5231232, 124768704 Error: Encountered internal Bowtie 2 exception (#1)
DNA甲基化
DNA甲基化是表觀遺傳學(xué)研究中的一個(gè)重要一個(gè)分支，符合表觀遺傳學(xué)DNA的序列信息沒(méi)有改變的特地點(diǎn)，而是DNA的堿基發(fā)生了化學(xué)修飾。最常見(jiàn)的一種修飾如5-甲基胞嘧啶（5-met...
