數(shù)據(jù)可視化是將數(shù)據(jù)直觀展示出來(lái)的一個(gè)必不可少的步驟。ggplot2是一個(gè)非常常見的繪圖R包，在文獻(xiàn)中，我們常常會(huì)看見用漂亮箱線圖來(lái)展示原始數(shù)據(jù)的分布。這里我們就用一個(gè)基因表達(dá)...
發(fā)簡(jiǎn)信
IP屬地：湖北
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ggplot2：如何優(yōu)雅地繪制箱線圖 -
ANNOVAR結(jié)果說(shuō)明-SNP/INDEL
一 結(jié)果文件說(shuō)明 1 VCF (Variant Call Format)是儲(chǔ)存Variation結(jié)果的文件格式 該文件的#列為文件的詳細(xì)解讀信息 2 *.hg19_mul...
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「GATK 4」如何提高HaplotyperCaller的效率GATK的HaplotypeCaller 應(yīng)該是目前最常用的變異檢測(cè)軟件，尤其是在人類基因組上。不過(guò)HaplotypeCaller的速度相對(duì)于其他軟件，例如bcftools,...
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ensembl_id轉(zhuǎn)換之兩種方法比較
一個(gè)基因在不同的數(shù)據(jù)庫(kù)有不同的名字：1.Entrez gene ID：我們一般說(shuō)的Gnen ID即Entrez gene ID，是用一串?dāng)?shù)字表示的（在NCBI里面用）2.Ge...
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fasta/fastq序列長(zhǎng)度分布統(tǒng)計(jì)首先得到每條序列的長(zhǎng)度，在這里使用seqkit軟件。seqkit軟件是一個(gè)強(qiáng)大的序列處理工具，安裝方法參見官方網(wǎng)站.代碼如下： 結(jié)果如下所示： 將 Length.txt導(dǎo)入到...
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那令人困惑的比對(duì)工具選擇啊~
寫在前面的廢話 我可能不適合做科研，因?yàn)槲铱偸菍?duì)一些“沒(méi)有必要”的事斤斤計(jì)較~ 剛開始接觸二代測(cè)序時(shí)，是跟著Jimmy大神從RNA-seq開始入門的。那時(shí)候使用的比對(duì)工具是H...
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TCGA學(xué)習(xí)01：數(shù)據(jù)下載與整理TCGA學(xué)習(xí)01：數(shù)據(jù)下載與整理 - 簡(jiǎn)書 TCGA學(xué)習(xí)02：差異分析 - 簡(jiǎn)書 TCGA學(xué)習(xí)03：生存分析 - 簡(jiǎn)書 TCGA學(xué)習(xí)04：建模預(yù)測(cè)-cox回歸 - 簡(jiǎn)書...
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求 bam文件單個(gè)位點(diǎn)堿基比例目的：給你一個(gè)bam 文件，如何查看一個(gè)位點(diǎn)的堿基情況，直接IGV 就ok,如果需要看多個(gè)點(diǎn)，就需要使用軟件了。(一般情況vcf DP4會(huì)告訴此位置ref base和非ref...
