本系列文章為可汗學(xué)院統(tǒng)計學(xué)的公開課筆記，視頻地址：http://open.163.com/special/Khan/khstatistics.html視頻講的很入門淺顯，挺好...
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可汗學(xué)院統(tǒng)計學(xué)學(xué)習(xí)筆記（1）1-16集 -
生信 | 構(gòu)建物種的OrgDb寫在前面 本文主要參考生信小白2018[http://www.itdecent.cn/p/bb4281e6604e]與多啦A夢的時光機[https://www.jiansh...
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R讀取數(shù)據(jù)出現(xiàn)“l(fā)ine 1 appears to contain embedded nulls”的解決方法
由于數(shù)據(jù)可能在Windows下編輯過，保存的是UTF-16的格式用R讀取可能會出現(xiàn)以下問題。這種情況有以下三種解決方案。 解決方法一：fileEncoding="UTF16L...
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ubuntu 18.04 安裝中文輸入法我們的 Linux 漫游之旅已經(jīng)開始有那么幾天了，在前面的文章中，如果你一路跟下來的話，我相信現(xiàn)在你的電腦打開已經(jīng)和別人的不一樣了。你的同學(xué)、朋友、同事看到你的電腦都會問你一...
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RNASeq實戰(zhàn)練習(xí)-hisat2比對與featurecounts定量
hisat2 構(gòu)建索引 hisat2 比對 hisat2 比對軟件將 reads 比對到參考基因組[http://www.itdecent.cn/p/e9cebbd8ef5...
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Qiime1-17.PICRUSt-16S預(yù)測宏基因組？
16S擴增子測序是對細(xì)菌中具有代表性的序列進行測序，相比宏基因組測序，16S擴增子測序無法提供基因功能信息，只能給出菌群豐度信息。但是PICRUSt工具可以幫助我們基于16S...
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微生物多樣性qiime2分析流程(3) 使用figaro來得到dada2正反向截斷參數(shù)
dada2插件對原始數(shù)據(jù)paired-end-demux.qza進行質(zhì)量過濾需要兩個參數(shù)，trunc-len-f和trunc-len-r。這個想法是通過盡可能多地刪除較低質(zhì)量...
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基于R語言的微生物群落組成多樣性分析——聚類分析一、工作目錄設(shè)置 二、R包的安裝與加載 三、加載數(shù)據(jù) 加載的數(shù)據(jù)同樣是列為樣本名、行為OTU的OTU表格： 四、計算距離矩陣 使用vegan包中的vegdist()函數(shù)計算距...
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基于R語言的微生物群落組成多樣性分析——物種豐度可視化之弦圖（Chord Diagram）引言 ????上一期內(nèi)容我們介紹了基于R語言使用熱圖（Heatmap）對微生物豐度進行展示，今天這期內(nèi)容主要介紹如何使用弦圖（Chord Diagram）來展示物種豐度的計算...
