作者，Evil Genius 大家一定要擦亮自己的眼睛，最近公司都在瘋狂的為visium HD做廣告，如下圖這些： 大家作為碩士博士的科研相關(guān)工作者，考驗(yàn)大家的時(shí)候到了，公司...
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HD文章分享（正刊）--健康人肝臟的空間圖譜—來自live donors -
腳本更新--（xenium、cosmx、HD等）不同條件下細(xì)胞類型的空間組織差異作者，Evil Genius 有粉絲問下面的結(jié)果可以復(fù)現(xiàn)么？ 其實(shí)技術(shù)的問題從來都不是問題。 關(guān)于高精度空轉(zhuǎn)的CN分析分享的已經(jīng)很多了，而對(duì)于niche的基因表達(dá)差異，也分享...
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分析梳理--分子動(dòng)力學(xué)模擬的常規(guī)步驟二（Gromacs）作者，Evil Genius 有人說，人生低谷期就是在救你的命，可是一直低谷，一般人也是受不了。 今天我們開始分子動(dòng)力學(xué)第二步：定義單位盒子和添加溶劑。 上一步我們生成了蛋白...
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虛擬篩選之化合物批量處理作者，Evil Genius 大家想做科研么？如果致力于科研，努力讀博有個(gè)編制吧，反正以我的經(jīng)驗(yàn)而言，有個(gè)保底才行。 我們無法同時(shí)擁有青春和成熟的心態(tài)，無論什么情況下，大家都...
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文獻(xiàn)分享--空間多組學(xué)揭示復(fù)合型小細(xì)胞肺癌的單克隆起源、神經(jīng)內(nèi)分泌可塑性及微環(huán)境生態(tài)位作者，Evil Genius 大家的生活順利么，怎么感覺我每走一步都是坑呢？ 大家有機(jī)會(huì)進(jìn)課題組，進(jìn)編制，趕緊努力進(jìn)，按照目前這個(gè)內(nèi)卷的程度，90后00后只會(huì)面臨越來越難的局...
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分析梳理--linux實(shí)現(xiàn)虛擬篩選作者，Evil Genius 今天我們來實(shí)現(xiàn)虛擬篩選。 第一步，處理蛋白質(zhì)PDB文件，注意這時(shí)候的PDB分子已經(jīng)進(jìn)行了去水處理（pymol），其中去除水分子的注意事項(xiàng)。 當(dāng)P...
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分析梳理--分子動(dòng)力學(xué)模擬的常規(guī)步驟一（Gromacs）作者，Evil Genius 現(xiàn)在大家羨慕的工作還是公務(wù)員、事業(yè)編，以前不理解，現(xiàn)在明白了。 群里說做科研不能有后顧之憂容易養(yǎng)閑人，實(shí)際上不可能，現(xiàn)行制度是低薪高獎(jiǎng)勵(lì)模式，例...
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HD文獻(xiàn)分享（正刊）--結(jié)腸炎的表觀遺傳記憶促進(jìn)腫瘤生長作者，Evil Genius 今天我們首先分享一個(gè)思路，就是怎么分析不同條件下的空間重塑。 首先提出問題 與許多其他組織一樣，乳腺組織會(huì)隨年齡增長不斷積累體細(xì)胞突變。這些基因...
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腳本更新--（Xenium、CosMx、HD）鄰域特異性基因表達(dá)作者，Evil Genius 今天我們需要更新腳本，大家應(yīng)該知道推文經(jīng)常更新腳本，有沒有知道為什么？最核心的原因在于做項(xiàng)目的時(shí)候和客戶溝通，挖空心思分析數(shù)據(jù)，然后結(jié)合閱讀大量...
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分析梳理--虛擬篩選結(jié)果的ADMET預(yù)測作者，Evil Genius 其實(shí)大家應(yīng)該感覺到了，現(xiàn)在的文章不僅要求我們分析出生物學(xué)問題，更要求我們提供一個(gè)解決問題可能的思路或者方法，通常來講，最容易實(shí)現(xiàn)的就是虛擬篩選，...
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HD多組學(xué)--跨小鼠與人類病理特征的轉(zhuǎn)錄組學(xué)小膠質(zhì)細(xì)胞分類學(xué)作者，Evil Genius 有人問我當(dāng)初一開始怎么沒走科研道路，我那時(shí)候碩士專業(yè)是食品科學(xué)與工程，與生信不沾邊，直接讀博是讀取的食品科學(xué)專業(yè)的博士，生信都是去了公司以后才學(xué)...
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分析梳理--柔性對(duì)接作者，Evil Genius 之前在分享分子對(duì)接的時(shí)候說過，大家隨意找的那些人做分子對(duì)接，基本全是剛性對(duì)接或者半柔性對(duì)接（配體），基本全是有問題的，大家做分子對(duì)接，最低最低也...
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CosMx文獻(xiàn)分享--單細(xì)胞空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)揭示小細(xì)胞肺癌原發(fā)灶與淋巴結(jié)轉(zhuǎn)移灶腫瘤微環(huán)境的異質(zhì)性作者，Evil Genius 最近和客戶以及分析人員都有接觸，兩方其實(shí)都很割裂，甚至對(duì)立，不過這是大環(huán)境的產(chǎn)物，沒有辦法改變。 大家應(yīng)該都明白，我們這個(gè)社會(huì)環(huán)境，大家都有一個(gè)...
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分析梳理--蛋白質(zhì)修復(fù)缺失殘基作者，Evil Genius 我知道很多人員，尤其醫(yī)生、醫(yī)學(xué)生等，都很忙，對(duì)科研都想跳過學(xué)習(xí)的階段直接拿到結(jié)果，但是實(shí)際是不現(xiàn)實(shí)的。請(qǐng)人做良莠不齊，而且現(xiàn)在風(fēng)氣很不好，社會(huì)上...
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代碼更新--低panel（xenium、CosMx）的數(shù)據(jù)插補(bǔ)作者，Evil Genius 大圓哥說得好，既然暫時(shí)無法改變現(xiàn)狀，那就先改變一下心態(tài)吧。 今天我們繼續(xù)更新腳本。 不知道有多少人做xenium、CosMx的時(shí)候，采用了低pa...
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HD文章分享--一項(xiàng)縱向、多組學(xué)圖譜揭示了耐藥性黑色素瘤中空間組織化免疫抑制生態(tài)系統(tǒng)的形成作者，Evil Genius 今天我們繼續(xù)分享HD的文章，大家都很優(yōu)秀。 知識(shí)積累 近期研究已確定了幾種轉(zhuǎn)移性黑色素瘤耐藥性的分子機(jī)制，但這些機(jī)制僅能解釋少部分病例。腫瘤內(nèi)在...
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腳本擴(kuò)展--空間鄰近性分析作者，Evil Genius 今天我們擴(kuò)展腳本，大家應(yīng)該經(jīng)常在文章中看到這樣的分析結(jié)果。 一般來講，很多人立馬想到用squidpy來分析 Squidpy的共現(xiàn)概率分析是一種描...
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腳本更新--高精度空轉(zhuǎn)（Xenium、CosMx、HD）空間配受體共表達(dá)評(píng)分作者，Evil Genius 有些學(xué)員可能太焦慮了啊，其實(shí)沒什么，不就是失業(yè)或者迷茫一段時(shí)間么，每個(gè)人都會(huì)經(jīng)歷。 內(nèi)心接受自己的平庸和普通，才是真正的開始。 不就是跟我一樣沒...
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HD文章分享--肝細(xì)胞癌早期惡變的分子機(jī)制研究作者，Evil Genius 生活不易，有空的時(shí)候，敬一杯給自己。 無論之前做了什么決定，多么后悔，但是一個(gè)男人，只能勇敢的往前走，30多歲，尤其結(jié)了婚的，都要負(fù)重前行了。 ...
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第20篇HD文章（正刊）--癌癥中異位表達(dá)的NMDAR揭示了種系編碼的自身免疫性作者，Evil Genius 無論發(fā)生什么，生活都要繼續(xù)。 現(xiàn)在的文章，多多少少都有點(diǎn)結(jié)構(gòu)生物學(xué)的影子，看來文章真的是不僅僅要求發(fā)現(xiàn)問題，還要為解決問題提供一個(gè)可能的思路。 ...