作者，Evil Genius 今天我們需要梳理一個(gè)分析點(diǎn)：目標(biāo)細(xì)胞的鄰域。 無論對(duì)于低精度還是高精度，鄰域分析都是核心和重點(diǎn)，但是想要分析到這個(gè)地方，前面有很多工作要做。 對(duì)...
發(fā)簡(jiǎn)信
IP屬地：甘肅
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課前準(zhǔn)備--目標(biāo)細(xì)胞的鄰域分析 -
CosMx文獻(xiàn)分享--結(jié)直腸癌中KRAS抑制劑并發(fā)性遺傳與非遺傳耐藥機(jī)制作者，Evil Genius 大家不要以為基礎(chǔ)分析很簡(jiǎn)單，大家先看下面 技術(shù)平臺(tái)樣本類型推薦切片厚度XeniumFFPE (石蠟切片)5 μmFresh Frozen (新鮮...
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課前準(zhǔn)備--高精度空轉(zhuǎn)識(shí)別與疾病相關(guān)細(xì)胞-細(xì)胞相互作用作者，Evil Genius 技術(shù)的發(fā)展總是很快，馬上Atera就要出了，大家敢做第一批吃螃蟹的人么？ 今天我們要更新腳本，關(guān)于高精度分析通訊的策略問題。 之前的分享，低精度...
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分子對(duì)接--3維構(gòu)象定量關(guān)系（3D-QSAR）作者，Evil Genius 5月最后一天了，我們來完成分子對(duì)接的最后一塊拼圖，3維構(gòu)象定量關(guān)系。 3D-QSAR核心目的是研究分子的三維結(jié)構(gòu)與其生物活性之間的定量關(guān)系，從而...
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頂刊分享（visium HD）--利用CRISPR篩選測(cè)序揭示空間分辨的功能基因組學(xué)作者，Evil Genius 到這一篇，我所搜集的關(guān)于visium HD實(shí)驗(yàn)類文章已經(jīng)達(dá)到50篇了，大家做了HD的要加油趕緊發(fā)文章了。 今天我們分享文獻(xiàn)，文章的核心目的：將基...
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分子動(dòng)力學(xué)--分析結(jié)果的詳細(xì)解讀作者，Evil Genius 這一篇我們來詳細(xì)解讀分子動(dòng)力學(xué)最后的分析結(jié)果。 首先第一個(gè)：RMSD--用于量化分子結(jié)構(gòu)的變化程度或差異大小。 RMSD的定義：均方根偏差計(jì)算的...
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課前準(zhǔn)備--低精度（visium）百分比矩陣矯正與細(xì)胞niche分析作者，Evil Genius 針對(duì)低精度的visium數(shù)據(jù)，大家分析細(xì)胞niche的結(jié)果還好么？ 隨著分析的深入，大家還可以自我設(shè)置niche參數(shù)人為定義么？ 對(duì)不起，大概率...
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計(jì)算機(jī)輔助藥物設(shè)計(jì)的流程梳理作者，Evil Genius 整理了分子對(duì)接和分子動(dòng)力學(xué)，我們來梳理一下計(jì)算機(jī)輔助藥物設(shè)計(jì)的流程。 小分子藥物設(shè)計(jì)是一個(gè)快速發(fā)展的領(lǐng)域，它具有革新新藥物開發(fā)的潛力。隨著結(jié)構(gòu)生...
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visium HD & 分子動(dòng)力學(xué)--內(nèi)皮SMAD1-MCAM軸通過LAMB1-ITGB1信號(hào)通路促進(jìn)舒尼替尼耐藥及透明細(xì)胞腎細(xì)胞癌的進(jìn)展作者，Evil Genius 大家能接受自己是同學(xué)中混得最差的么？大家愿意接受自己的人生算失敗么？ 命運(yùn)這種事，真的讓人難以捉摸，起起落落。 山西長(zhǎng)治市沁源縣5月22號(hào)煤礦瓦...
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Stereo-seq & 分子動(dòng)力學(xué)--內(nèi)吞逃逸導(dǎo)致癌癥對(duì)抗體藥物偶聯(lián)物療法產(chǎn)生耐藥性作者，Evil Genius Ai與多組學(xué)的結(jié)合，現(xiàn)在發(fā)展的速度越來越快了。 今天我們分享文獻(xiàn)，Stereo-seq & 分子動(dòng)力學(xué)。 知識(shí)積累 Enfortumab ved...
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分子動(dòng)力學(xué)--結(jié)合自由能的計(jì)算作者，Evil Genius 這一篇我們繼續(xù)分子動(dòng)力學(xué)。 以前高中不知道學(xué)的那些東西有什么用，現(xiàn)在多多少少知道一些了，生物這個(gè)學(xué)科，必須交叉，生物物理、生物化學(xué)、計(jì)算生物學(xué)、...
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課前準(zhǔn)備--低精度（visium）五大通訊思路匯總作者，Evil Genius 大家平時(shí)多總結(jié)，遇到問題自然可以迎刃而解。 今天我們來匯總關(guān)于低精度空轉(zhuǎn)的五大通訊分析思路。所有總結(jié)的內(nèi)容均來自文獻(xiàn)，我都分享了，文章在分析梳理...
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課前準(zhǔn)備--Stereo-seq（HD）細(xì)胞類型的分布梯度作者，Evil Genius 今天我們更新思路，針對(duì)華大的Stereo-seq。 目前關(guān)于華大Stereo-seq的數(shù)據(jù)分析生態(tài)也在慢慢建立，越來越完善，對(duì)大家來講，這是好事...
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文獻(xiàn)分享（visium）--空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)的泛癌分析揭示異質(zhì)性腫瘤空間微環(huán)境作者，Evil Genius 關(guān)于低精度的空間平臺(tái)，雖然目前新課題采用的比例變少了，但是其仍然具有獨(dú)特的優(yōu)勢(shì)，所以不會(huì)被淘汰，而且之前測(cè)了很多的visium數(shù)據(jù)，很多仍然未發(fā)...
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文獻(xiàn)繪圖--繪制蛋白配體相互作用示意圖作者，Evil Genius 大家學(xué)一個(gè)組學(xué)的內(nèi)容，一定要全面并且邏輯完整，例如單細(xì)胞，從拿到fastq數(shù)據(jù)開始，自己就能一步一步按照思路往下做，整個(gè)形成一套完整的分析邏輯，...
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分析梳理--分子動(dòng)力學(xué)模擬的常規(guī)步驟十（Gromacs）作者，Evil Genius 前面我們完成了動(dòng)力學(xué)模擬，做了一些基礎(chǔ)的分析，但是在數(shù)據(jù)分析的過程，需要我們分析更多的情況。 接下來我們就要做一些之前動(dòng)力學(xué)模擬之后的相互作用分...
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單細(xì)胞空間--人類成年人口腔內(nèi)成纖維細(xì)胞驅(qū)動(dòng)免疫調(diào)節(jié)的綜合單細(xì)胞與空間蛋白質(zhì)轉(zhuǎn)錄組學(xué)圖譜作者，Evil Genius 人生總是有各種坑，而坑基本都是別人帶來的，大家很多時(shí)候并不想走極端路線，協(xié)商一下解決了，日后還可以合作，一旦突破底線，對(duì)于一個(gè)有家庭要養(yǎng)，有房貸...
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分析梳理--分子動(dòng)力學(xué)模擬的常規(guī)步驟九（Gromacs）作者，Evil Genius 這一篇我們繼續(xù)分子動(dòng)力學(xué)，對(duì)蛋白配體復(fù)合物的NVT、NPT預(yù)平衡。 先來看NPT預(yù)平衡 平衡蛋白質(zhì)-配體復(fù)合物與平衡任何其他蛋白質(zhì)水溶液體系一樣...
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正刊分享（visium HD）--三陰性乳腺癌在化療反應(yīng)中的生態(tài)型作者，Evil Genius 今天我們分享頂刊，包含visium、visium HD、Xenium 5k。 知識(shí)積累 臨床背景與挑戰(zhàn)： TNBC占乳腺癌的10-20%，缺乏三...
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分析梳理--分子動(dòng)力學(xué)模擬的常規(guī)步驟八（Gromacs）作者，Evil Genius 每一個(gè)組學(xué)內(nèi)容都很多啊，都需要花費(fèi)大量的時(shí)間學(xué)習(xí)，學(xué)習(xí)的最好階段就是學(xué)生階段，你的導(dǎo)師就是你的伯樂，像我這種社會(huì)底層人員，純純沒事干，學(xué)了有沒有...