FIMO官網(wǎng)教程 官網(wǎng)：這里[http://meme-suite.org/doc/fimo-tutorial.html?man_type=web] （一）什么FIMO？ FI...
發(fā)簡(jiǎn)信
IP屬地：廣東
-
Motif scanning tool: FIMO（在線版分析筆記） -
集群任務(wù)管理系統(tǒng)SGE的簡(jiǎn)明教程
我用的一個(gè)服務(wù)器上裝了一個(gè)集群管理工具(SGE, Sun Grid Engine), 用于從登陸節(jié)點(diǎn)上向計(jì)算節(jié)點(diǎn)進(jìn)行任務(wù)投遞。一開始，不太會(huì)用，但是經(jīng)過一段時(shí)間的摸索學(xué)習(xí)后，...
-
hyphy計(jì)算選擇壓力(+pal2nal的使用)官網(wǎng)：http://www.hyphy.org/[http://www.hyphy.org/]http://www.bork.embl.de/pal2nal/[http://...
-
Hyphy，不亞于Paml的選擇壓力分析的優(yōu)秀軟件，使用指北
近幾年來，Hyphy的使用人數(shù)越來越來多，雖然不及paml，但這款軟件的一些優(yōu)秀特性使得它值得受到使用和關(guān)注。首先相比paml，hyphy有以下幾大優(yōu)點(diǎn)： 操作使用簡(jiǎn)單。 運(yùn)...
-
零基礎(chǔ)快速完成基因功能注釋 / GO / KEGG / PFAM...寫在前面 早前已經(jīng)推過《新手eggNOG-Mapper詳細(xì)教程》，但仍然有很多人遇到使用問題。換句話，可能那個(gè)教程不能徹底解決大伙遇到的問題。于是我決定寫一個(gè)完美的教程，徹底...
-
用PLAM下的mcmctree做分歧時(shí)間估計(jì)
用mcmctree做分歧時(shí)間估計(jì)的時(shí)候遇到報(bào)錯(cuò)： 問題是序列不符合phylip格式，每個(gè)名字沒有區(qū)分開 1.使用以下命令行將orthofinder處理好的多序列比對(duì)結(jié)果，fa...
-
一個(gè)簡(jiǎn)易版提取最長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄本的方法根據(jù)gff和基因組文件提取最長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄本有很多工具，但發(fā)現(xiàn)沒有一個(gè)適合我的，因?yàn)槟切┕ぞ哂懈鞣N輸入文件限制，例如GetTransTool[https://pypi.org/pro...
-
貼心 | GXF Fix 修復(fù) / 優(yōu)化基因結(jié)構(gòu)注釋信息文件 - GTF/GFF3寫在前面 目前基因組測(cè)序和組裝成本幾乎已經(jīng)到任何一個(gè)課題組都可以單獨(dú)負(fù)擔(dān)的價(jià)碼，大量物種的基因組序列被測(cè)定和釋放。與此同時(shí)，對(duì)應(yīng)的基因結(jié)構(gòu)注釋信息文件，如GTF或GFF3文件...
-
「基因組」日常工作之修改注釋文件和NCBI基因組下載
只想水一水，我某一天水別人的東西。今天，看了半個(gè)小時(shí)的nextdenovo組裝 segmentation fault 報(bào)錯(cuò)異常，終于從github上的回復(fù)看到了解決思路，老...
