參考一[https://dulunar.github.io/2020/10/14/%E6%B5%8B%E5%BA%8F%E6%95%B0%E6%8D%AE%E7%9A%84%...
IP屬地：馬里蘭州
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計(jì)算測序深度
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使用ImageJ(Fiji)進(jìn)行oil red染色統(tǒng)計(jì)1.導(dǎo)入圖片，并將圖片格式改成32-bit（黑白單通道） 2.將標(biāo)尺部分去除 3.選擇oil red染色陽性部分，根據(jù)自己需求略微調(diào)整 4.進(jìn)行統(tǒng)計(jì) count和%Area等...
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@呆子魚 short for module load
RNA-seq：STAR 軟件比對（SLURM遞交系統(tǒng)）
索引構(gòu)建 構(gòu)建好索引后，第一次比對 構(gòu)建二次比對的新索引： PSSTAR緩存文件太大，7TB空間run 190個RNA-seq都吃不消，還是用For循環(huán)來做。
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RNA三維結(jié)構(gòu)預(yù)測與比較Pymol使用[http://www.itdecent.cn/p/a585f1173a32]Zhang lab[https://zhanggroup.org/] 二級結(jié)構(gòu)預(yù)...
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TCGA原始文件id轉(zhuǎn)換本文適用于下載受保護(hù)的數(shù)據(jù)的文件，從文件id轉(zhuǎn)換為TCGA樣本id官網(wǎng)教程[https://docs.gdc.cancer.gov/API/Users_Guide/Searc...
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制作fasta文件(標(biāo)準(zhǔn)化)該教材是如何制作固定每行70堿基的fasta文件，主要設(shè)計(jì)如何將特別長的堿基序列均勻切割成每行70個堿基的文件。代碼如下：如何構(gòu)建fasta文件及其index索引文件[htt...
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excel堿基互補(bǔ)配對插件
最近發(fā)現(xiàn)一個比較好用的堿基互補(bǔ)配對的插件[https://github.com/LJI-Bioinformatics/Excel-Reverse-Complement]在ma...
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這個世界流行離開，但我們卻不擅長告別
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Gviz繪制基因isoform結(jié)構(gòu)The Gviz User Guide[http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/vignettes/Gviz/in...
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Shiny做網(wǎng)站
把自己的數(shù)據(jù)做成網(wǎng)頁版，既提升文章的可讀性又方便交流下面這幾個例子都挺好，尤其第一個R : Shiny|搭建單細(xì)胞數(shù)據(jù)分析云平臺[https://www.jianshu.co...
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R做深度學(xué)習(xí)之-MLP二分類問題
深度理解多層感知機(jī)MLP[https://cleverbobo.github.io/2020/08/30/bp/]隱層節(jié)點(diǎn)數(shù)選擇[https://www.cxyzjd.com...
