其實(shí)不論是PCoA還是PCA圖均是用散點(diǎn)圖來(lái)展示結(jié)果PCoA和PCA的結(jié)果，PCoA和PCA準(zhǔn)確來(lái)講是數(shù)據(jù)降維分析方法。順便值此佳節(jié)，祝福各位和“科研”都能夠擁有幸福時(shí)光和美...
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R數(shù)據(jù)可視化4: PCA和PCoA圖 -
RNA速率：使用Seurat的結(jié)果做RNA velocity參考鏈接:https://github.com/velocyto-team/velocyto.R[https://github.com/velocyto-team/veloc...
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2020-05-01生信星球 打卡第一天 1.甲基化知識(shí) DNA甲基化是表觀遺傳學(xué)領(lǐng)域一個(gè)重要的研究方向，真核生物中最常見(jiàn)的DNA修飾非5-甲基胞嘧啶（5mC）莫屬了，然而在原核生物中最常見(jiàn)的D...
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那令人困惑的比對(duì)工具選擇啊~
寫(xiě)在前面的廢話 我可能不適合做科研，因?yàn)槲铱偸菍?duì)一些“沒(méi)有必要”的事斤斤計(jì)較~ 剛開(kāi)始接觸二代測(cè)序時(shí)，是跟著Jimmy大神從RNA-seq開(kāi)始入門(mén)的。那時(shí)候使用的比對(duì)工具是H...
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使用SCENIC分析singlecell-RNAseq實(shí)戰(zhàn)演練SCENIC全稱：Single-Cell rEgulatory Network Inference and Clustering實(shí)戰(zhàn)之前需要準(zhǔn)備的學(xué)習(xí)資料：1.閱讀關(guān)于SCE...
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Monocle2 學(xué)習(xí)筆記參考： 第六章 scRNA-seq數(shù)據(jù)分析 使用monocle包進(jìn)行pseudotime分析 monocle2 官方教程 單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組學(xué)習(xí)筆記-18-scRNA包學(xué)習(xí)Mono...
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CellChat：細(xì)胞間相互作用分析利器前言 我們知道，細(xì)胞間信息傳遞方式一個(gè)是細(xì)胞表面配受體的相互作用，另一個(gè)通過(guò)細(xì)胞產(chǎn)生的可溶性小分子，即細(xì)胞因子。在單細(xì)胞數(shù)據(jù)分析中下游，有時(shí)候我們想看某幾種細(xì)胞類型之間的相互...
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Seurat 新版教程：分析空間轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)隨著轉(zhuǎn)錄組技術(shù)的發(fā)展，空間轉(zhuǎn)錄組已經(jīng)正式走向商業(yè)化時(shí)代，作為單細(xì)胞數(shù)據(jù)分析的工具箱的Seurat與時(shí)俱進(jìn)，也相應(yīng)地開(kāi)發(fā)了空間轉(zhuǎn)錄組分析的一套函數(shù)，讓我們跟隨卑微小王看看Seu...
