寫(xiě)在前面 最近可能是不少人要趕畢業(yè)論文，于是找上了 TBtools，并急急忙忙希望解決自己的問(wèn)題。于是，他們總是會(huì)在群里 @我 或者 @管理員。事實(shí)上，這是一個(gè)違背群約定的事...
發(fā)簡(jiǎn)信
IP屬地：云南
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TBtools | 開(kāi)箱須知 -
@斬毛毛 多物種就要選前景枝和背景枝吧，打個(gè)比方，1物種和2物種是聚在一起的，3物種是聚在大枝的，那結(jié)果里也會(huì)有1物種和3物種的基因?qū)Φ慕Y(jié)果嗎
paml計(jì)算 KaKs值
此前介紹利用Kaks_calculator計(jì)算ka/ks 值，本次對(duì)paml 進(jìn)行計(jì)算kaks做一簡(jiǎn)單介紹。 軟件安裝 PAML 可實(shí)現(xiàn)系統(tǒng)發(fā)育樹(shù)的構(gòu)建，祖先序列估計(jì),進(jìn)化模...
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BLAST（2.12.0+）使用記錄文章僅是記錄自己的學(xué)習(xí)使用，有錯(cuò)誤請(qǐng)指出，我立刻改正！ 官方說(shuō)明：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK279684/#appendic...
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@GaGaLab 是我搞錯(cuò)了，放到Rstudio里面運(yùn)行，就有結(jié)果生成了。謝謝回信。
RSEM的TPM,FPKM,COUNT數(shù)據(jù)整合
RSEM的數(shù)據(jù)整合只能整合count內(nèi)容所以簡(jiǎn)單寫(xiě)了個(gè)函數(shù)整合RSEM的TPM,FPKM,COUNT
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@GaGaLab 我生成的是樣本名稱(chēng)，大佬是這樣的嗎
RSEM的TPM,FPKM,COUNT數(shù)據(jù)整合
RSEM的數(shù)據(jù)整合只能整合count內(nèi)容所以簡(jiǎn)單寫(xiě)了個(gè)函數(shù)整合RSEM的TPM,FPKM,COUNT
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隨筆 | 「生物軟件開(kāi)發(fā)」一把死鎖
「生物信息」概念被提出已有許多年，可以說(shuō)比我年齡大了許多。但到底是什么，不同人有不同定義。尤其自高通量測(cè)序出現(xiàn)，對(duì)于生物信息來(lái)說(shuō)，有一大波變化。而我時(shí)常與相似背景的朋友提及，...
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ggplot2畫(huà)富集分析圖，帶縮短文本長(zhǎng)度今天骨科一位學(xué)生問(wèn)我他在做富集分析的時(shí)候，得到的文字太長(zhǎng)了，如何讓文字分開(kāi)的問(wèn)題，其實(shí)富集分析經(jīng)常會(huì)得到一些結(jié)果的標(biāo)題很長(zhǎng)很長(zhǎng)，不管是barplot還是dotplot都會(huì)出現(xiàn)...
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@tttxd 那就一個(gè)一個(gè)來(lái)吧，速度應(yīng)該也挺快的吧，我也只試過(guò)一個(gè)物種的
尋找R gene三種方法之RGAugury
特別感謝賣(mài)萌哥[http://www.itdecent.cn/u/77fc519c6fa2]對(duì)于R gene的資源分享和指導(dǎo)幫助 參考文獻(xiàn)：RGAugury: a pipe...
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用TBtools，快速高效實(shí)現(xiàn)基因組共線(xiàn)性分析與可視化， 贊！寫(xiě)在前面 對(duì)于沒(méi)有做過(guò)共線(xiàn)性分析的小伙伴，可以通過(guò)以下幾段內(nèi)容，了解一下，我為什么要費(fèi)勁巴拉畫(huà)出這樣一張圖。 除了基因組成的相似性,在不同基因組中基因排列順序的一致性更能夠體...
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1-【antiSMASH_5.2.0】的安裝和使用(2021.1.26更新)
安裝時(shí)間：2021.1.26常用次生代謝產(chǎn)物預(yù)測(cè)軟件：antiSMASH[https://antismash.secondarymetabolites.org/#!/star...
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@32047e0c8ad2 具體從什么版本變更到怎么版本，分享一下吧
尋找R gene三種方法之RGAugury
特別感謝賣(mài)萌哥[http://www.itdecent.cn/u/77fc519c6fa2]對(duì)于R gene的資源分享和指導(dǎo)幫助 參考文獻(xiàn)：RGAugury: a pipe...
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想嘗試這個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)，注冊(cè)了帳號(hào)好像需要激活才能使用
【數(shù)據(jù)庫(kù)】RxnFinder
由胡春楠老師團(tuán)隊(duì)開(kāi)發(fā)的生物合成反應(yīng)數(shù)據(jù)庫(kù)（RxnFinder），這個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)由專(zhuān)門(mén)的公司團(tuán)隊(duì)在維護(hù)更新。下面是官網(wǎng)介紹： 微生物細(xì)胞工廠(chǎng)在生產(chǎn)大宗化學(xué)品、天然產(chǎn)品、生物燃料等方...
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@32047e0c8ad2 評(píng)論好像不能放圖片。如果沒(méi)報(bào)錯(cuò)，按理是不會(huì)為0的
尋找R gene三種方法之RGAugury
特別感謝賣(mài)萌哥[http://www.itdecent.cn/u/77fc519c6fa2]對(duì)于R gene的資源分享和指導(dǎo)幫助 參考文獻(xiàn)：RGAugury: a pipe...
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插件 | 給一堆「doi」，出一堆「論文.pdf」寫(xiě)在前面 最近給研究生師弟師妹講一門(mén)名為「園藝植物生物信息學(xué)實(shí)踐」的選修課... 計(jì)劃10~30人，估摸系統(tǒng)出了問(wèn)題，最終選了 44 人。盡管我盡可能勸退，但仍然有 68+ ...
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??還在為批量下文獻(xiàn)而發(fā)愁嗎，來(lái)tbtools
插件 | 給一堆「doi」，出一堆「論文.pdf」
寫(xiě)在前面 最近給研究生師弟師妹講一門(mén)名為「園藝植物生物信息學(xué)實(shí)踐」的選修課... 計(jì)劃10~30人，估摸系統(tǒng)出了問(wèn)題，最終選了 44 人。盡管我盡可能勸退，但仍然有 68+ ...
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如何在IGV上使用BLAT搜索非模式物種IGV提供了BLAT，用于進(jìn)行序列搜索，但可惜我一直用不上，因?yàn)樗J(rèn)是調(diào)用了UCSC的CGI工具，將我們的輸入序列發(fā)送到https://genome.ucsc.edu/cg...
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今天剛搜過(guò)，今天就出現(xiàn)了??
神器！| 加速訪(fǎng)問(wèn) github ，加速你的科研
寫(xiě)在前面 目前，github 應(yīng)是生信軟件擺放的主流倉(cāng)庫(kù)。比如我們熟悉的TBtools， Seqkit，IGV等等。當(dāng)然，甚至很多時(shí)候，我們會(huì)發(fā)現(xiàn)一些高水平的分析類(lèi)文章直接講...
