轉(zhuǎn)錄因子也稱反式作用因子，在動植物的生長發(fā)育及其對外界環(huán)境的反應中起著重要的調(diào)控作用，已成為現(xiàn)在生物學研究領域的熱點，其功能分析是重要的研究內(nèi)容之一。因此我們可以通過...
發(fā)簡信
IP屬地：浙江
-
知識分享| 轉(zhuǎn)錄組個性化分析(5)——轉(zhuǎn)錄因子及轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點預測 -
基因家族分析一(NBS基因家族鑒定)一：準備文件 1. 擬南芥的基因組，CDS，蛋白，GFF以及HMM文件。 2.利用HMM文件搜尋pep文件 3.利用clustalw進行多序列比對，構建物種特定的NB-ARC...
-
群體遺傳學習筆記-基因型缺失數(shù)據(jù)的填充
Genotype Imputation是在高通量測序中常出現(xiàn)的定義，按照義譯就是基因型填充。要真正理解imputation這個概念，我們就需要先理解基因型缺失（genotyp...
-
Python讀取大文件的"坑“與內(nèi)存占用檢測python讀寫文件的api都很簡單，一不留神就容易踩”坑“。筆者記錄一次踩坑歷程，并且給了一些總結(jié)，希望到大家在使用python的過程之中，能夠避免一些可能產(chǎn)生隱患的代碼。...
-
【非模式種轉(zhuǎn)錄組】二、下游分析R語言篇這里是佳奧！我們繼續(xù)非模式種轉(zhuǎn)錄組的下游分析。 上篇我們拿到了raw count矩陣，但是我們還缺少很多東西，讓我們一步一步來。 1、選擇合適方法標準化表達矩陣 2、GO/K...
-
ChIP-seq實踐(H3K27Ac,enhancer的篩選和enhancer相關基因的GO分析)在實踐之前，我先查找了一下有關組蛋白修飾的知識點：（參考文章：http://www.itdecent.cn/p/8aca72809c5c） 組蛋白修飾能預測染色質(zhì)的類型（異...
-
單體型網(wǎng)絡的構建——Haplotype Network基本概念 單體型：又稱單倍體型或單元型，是個體組織中，完全遺傳自父母雙方中某一親本的一組等位基因。擁有特定SNP的個體常常在附近某一特定變異位點擁有特定等位基因，這種關系叫做...
-
ggplot分組散點圖-坐標軸截斷-添加四分位圖-顯著性檢驗近日在《The new england journal o f medicine》雜志看到一篇文章的圖，如下，這種圖應該是用GraphPad prism做的，圖的特點是散點統(tǒng)...
