今天開始將要介紹qiime2的使用。qiime2雖然和qiime1只差了一個(gè)數(shù)字,但是兩者之間的差異很大,Qiime2是對Qiime1進(jìn)行了重新...
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今天開始將要介紹qiime2的使用。qiime2雖然和qiime1只差了一個(gè)數(shù)字,但是兩者之間的差異很大,Qiime2是對Qiime1進(jìn)行了重新...
HUMAnN2是由Huttenhower組發(fā)布的,基于全基因組測序數(shù)據(jù)用于計(jì)算基因豐度的軟件。本節(jié)我們要用其對PICRUSt產(chǎn)生KEGG gen...
16S擴(kuò)增子測序是對細(xì)菌中具有代表性的序列進(jìn)行測序,相比宏基因組測序,16S擴(kuò)增子測序無法提供基因功能信息,只能給出菌群豐度信息。但是PICRU...
今天我們要來介紹在16S分析中經(jīng)常用到的另一個(gè)在線分析工具LEfSe。該工具是由Huttenhower小組開發(fā)的,用于通過相對豐度來發(fā)現(xiàn)2個(gè)或更...
在之前我們已經(jīng)介紹了Alpha、Beta、物種分類、差異性等一系列的分析,本節(jié)我們要介紹一個(gè)命令,打包了之前所有的分析內(nèi)容。 core_dive...
機(jī)器學(xué)習(xí)是一種目前流行且使用的生物信息分析方法。本節(jié)我們將基于菌群的豐度利用機(jī)器學(xué)習(xí)的方法建立分類器,對樣本進(jìn)行分類。 在運(yùn)行命令之前,建議使用...
你的metadata和你的菌群之間是否有關(guān)系呢?這一定會(huì)很多人關(guān)心的問題。本節(jié)我們就來討論如何探究菌群組成和metadata中指標(biāo)之間的相關(guān)性。...
本節(jié)就要進(jìn)入更為關(guān)鍵的分析流程了——菌群組成的分析。進(jìn)行16S測序的目的就是為了研究不同樣本間的菌群組成差異,本節(jié)我們將講解如何用qiime1繪...
本節(jié)我們介紹Beta多樣性的分析。 Beta多樣性 分析微生物的Beta多樣性可以直接使用Qiime1中的beta_diversity_thro...
本節(jié)我們將介紹Alpha多樣性如何分析,具體包括三部分的內(nèi)容:Alpha稀釋曲線、計(jì)算比較Alpha多樣性的差異、Mapping文件中添加Alp...