在研究基因表達(dá)譜或者蛋白表達(dá)譜時(shí)，經(jīng)常會(huì)涉及到對(duì)時(shí)間序列的分析。例如，不同的基因或蛋白表達(dá)水平隨時(shí)間表現(xiàn)出怎樣的動(dòng)力學(xué)特征，怎樣挖掘潛在的時(shí)間特...
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基因或蛋白表達(dá)譜的時(shí)間動(dòng)力學(xué)聚類分析（R包Mfuzz） -
R circlize：heatmap, track多圖導(dǎo)讀 circlize包中circos.heatmap繪制圓版熱圖，circos.track可追加更多圖形成組合圖。 修改自：https://j...
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利用TCseq包進(jìn)行基因表達(dá)趨勢(shì)分析TCseq包提供了一個(gè)統(tǒng)一的套件去處理不同時(shí)序類型的數(shù)據(jù)分析，可以應(yīng)用于轉(zhuǎn)錄組或者像ATAC-seq，Chip-seq的表觀基因組時(shí)序型數(shù)據(jù)分析...
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R語(yǔ)言學(xué)習(xí)指南(7) 再探相關(guān)性熱圖上一節(jié)介紹了組內(nèi)相關(guān)性熱圖的繪制，這一節(jié)來(lái)介紹組間相關(guān)性熱圖，即由2組數(shù)據(jù)之間的相關(guān)性，廢話不多說(shuō)直接看代碼喜歡可以關(guān)注公眾號(hào)R語(yǔ)言數(shù)據(jù)分析指南...
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R語(yǔ)言學(xué)習(xí)指南(6) 初探相關(guān)性熱圖相關(guān)性熱圖，顧名思義就是根據(jù)數(shù)據(jù)之間的相關(guān)性系數(shù)來(lái)繪制熱圖，可分為2類：組內(nèi)相關(guān)性熱圖與組間相關(guān)性熱圖 組內(nèi)相關(guān)性熱圖，即由一組數(shù)據(jù)內(nèi)部的相關(guān)性...
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利用ggcor包繪制相關(guān)性組合圖及環(huán)狀熱圖ggcor包最初是因?yàn)槟芸焖賹?shí)現(xiàn)19年Science一組合相關(guān)性圖(上圖所示)變得流行起來(lái)，除此該包對(duì)熱圖、熱圖等等的可視化都是很方便快捷的，除...
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linux服務(wù)器安裝R語(yǔ)言及Rstudio server
在linux服務(wù)器上使用R語(yǔ)言及Rstudio servercat /etc/redhat-release: 查看服務(wù)器系統(tǒng)版本 1. R 程序...
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metacell： scRNAseq聚類和細(xì)胞類型注釋的R包scRNAseq可謂是目前科研界研究細(xì)胞異質(zhì)性的有效手段，正處于如火如荼的階段。單細(xì)胞分析一個(gè)很重要目的就是為了確定細(xì)胞的類型。說(shuō)到單細(xì)...
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上下調(diào)基因分別富集，也能一起畫(huà)圖雙向富集分析圖 1.需求 上下調(diào)基因分別富集分析，把結(jié)果放在一張圖上: 2.示例數(shù)據(jù)和r包準(zhǔn)備 模擬的是kegg的富集結(jié)果，編了一個(gè)數(shù)據(jù)。p是p...
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monocle 軌跡圖改顏色我們?cè)诓捎胢onocle做細(xì)胞擬時(shí)序分析的時(shí)候，常常會(huì)不滿意于原圖的配色，而軟件自帶的配色是根據(jù)降維后分出的cell type進(jìn)行顏色的分類的 ...
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