新年快樂~ 1、chipseeker包的介紹： ①、南科大Y叔寫的包，感謝②、主要是對(duì)peaks的注釋和可視化 2、這次用的數(shù)據(jù)，是chipse...
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chip-seq的chipseeker包的使用 -
學(xué)習(xí)一遍ChIPseeker的使用劉小澤寫于2020.5.23-24Y叔的原文在：https://mp.weixin.qq.com/s/3CMj0xejiV-FSMC-Vxd_-...
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跟著Cell學(xué)作圖|7.富集分析(Metascape數(shù)據(jù)庫(kù))跟著Cell學(xué)作圖|7.富集分析(Metascape數(shù)據(jù)庫(kù)) “實(shí)踐是檢驗(yàn)真理的唯一標(biāo)準(zhǔn)?！薄皬?fù)現(xiàn)是學(xué)習(xí)R語(yǔ)言的最好辦法?！?DOI: 10.1...
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ATAC-seq分析實(shí)操生信技能樹健明教程放在最前面的參考鏈接：給學(xué)徒的ATAC-seq數(shù)據(jù)實(shí)戰(zhàn)（附上收費(fèi)視頻) 數(shù)據(jù)來(lái)源的文章： The landscape of accessible...
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UCSC-browser學(xué)習(xí)：創(chuàng)建自己的track hubs（由于以前的幾篇文章被平臺(tái)鎖了且申訴失敗，只好重發(fā)一下） 在看paper的時(shí)候，經(jīng)常會(huì)有這種圖： 這是從UCSC browser上可視化數(shù)據(jù)然后...
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BETA轉(zhuǎn)錄因子與表達(dá)關(guān)聯(lián)分析今天介紹和測(cè)試這款關(guān)聯(lián)ChIP-seq、RNA-seq分析軟件，BETA（Binding and Expression Target Analy...
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第7篇：用Y叔的ChIPseeker對(duì)peaks進(jìn)行注釋和可視化上一步驟（第6篇：重復(fù)樣本的處理——IDR）用IDR對(duì)重復(fù)樣本peaks的一致性進(jìn)行了評(píng)估，同時(shí)得到了merge后的一致性的peaks——sam...
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「工具」使用BETA整合分析ATAC-seq/ChIP-seq和RNA-seq數(shù)據(jù)BETA 網(wǎng)址: http://cistrome.dfci.harvard.edu/BETA/tutorial.html 功能介紹 數(shù)據(jù)準(zhǔn)備： ...
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clusterProfiler包進(jìn)行id轉(zhuǎn)換常用id Ensemble id：由歐洲生物信息數(shù)據(jù)庫(kù)提供，一般以ENSG開頭，后邊跟11位數(shù)字。如TP53基因：ENSG00000141510...
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GSE83521/GSE89143去除批次效應(yīng)老大在群里出的題，說(shuō)感覺這個(gè)熱圖很詭異，然后中間我自己沒有用boxplot查看數(shù)據(jù)的表達(dá)量，對(duì)于數(shù)據(jù)不能有正確的認(rèn)識(shí)，導(dǎo)致一開始的deg的log...
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