目錄介紹環(huán)境配置OrthoMCL使用統(tǒng)計(jì)聚類結(jié)果最后 介紹 OrthoMCL是一款直系同源基因聚類軟件, 它不僅能得到多個(gè)物種共有的直系同源基因...
投稿
收錄了19篇文章 · 2人關(guān)注
-
「生信」同源基因分析——OrthoMCL -
Count分析基因Gain/Loss/Duplication文獻(xiàn)標(biāo)題：Count: evolutionary analysis of phylogenetic profiles with parsimon...
-
OrthoFinder尋找同源基因并建樹提到尋找物種之間的同源基因，大家一般想到的是OrthoMCL (http://orthomcl.org/orthomcl/） ，OrthoMCL...
-
MrBayes構(gòu)建貝葉斯樹
1.前期準(zhǔn)備 構(gòu)建貝葉斯樹需要用到的軟件有phylosuite(序列準(zhǔn)備)、iqtree2(最適模型查找)、mrbayes(構(gòu)建貝葉斯樹)。 2...
-
宏基因組 - (2)基于基因相對豐度計(jì)算α/β多樣性-1.僅作筆記使用 我所用到的所有腳本可以+Q索要 請實(shí)名，名字+學(xué)校+方向 0. 首先需要獲取基因的相對豐度表，這里可以略參考 宏基因組-(1...
-
序列比對工具 | BLAST、 BLAT、 diamond基本概念 相似性（similarity） 一種很直接的數(shù)量關(guān)系，比如部分相同或相似的百分比或其他一些合適的度量 如：A序列和B序列的相似性是80...
-
diamond比對以及結(jié)果數(shù)據(jù)處理
利用diamond比對數(shù)據(jù) 注意：diamond在無root權(quán)限的linux運(yùn)行比對命令時(shí)需要加參數(shù)-t /dev/shm創(chuàng)建臨時(shí)文件 注意事項(xiàng)...
-
基因BIN來源分析（一）cd-hit去冗余，salmon計(jì)算基因TPM
導(dǎo)讀 humann中有一個(gè)模塊可以進(jìn)行基因物種來源分析，但是內(nèi)部怎么分析的。如果能獲得每個(gè)物種的基因序列文件，那么不用humann也能進(jìn)行此分析...
-
RPKM、FPKM、TPM的區(qū)別測序read數(shù)會受到基因長度和測序深度影響，解決方案如下：1、基因長度影響--將測序Read數(shù)除以基因長度；2、測序深度影響--將Read數(shù)除以...
-
基因家族鑒定流程（二） 用blast、mmseqs、diamond、hmmer搜索同源蛋白本文章將介紹 ①類blast軟件blast、mmseqs、diamond、hmmer的比較 ②blast、mmseqs、diamond、hmme...
{var%20f='http://v.t.sina.com.cn/share/share.php?appkey=1881139527',u=z||d.location,p=['&url=',e(u),'&title=',e(t||d.title),'&source=',e(r),'&sourceUrl=',e(l),'&content=',c||'gb2312','&pic=',e(p||'')].join('');function%20a(){if(!window.open([f,p].join(''),'mb',['toolbar=0,status=0,resizable=1,width=440,height=430,left=',(s.width-440)/2,',top=',(s.height-430)/2].join('')))u.href=[f,p].join('');};if(/Firefox/.test(navigator.userAgent))setTimeout(a,0);else%20a();})(screen,document,encodeURIComponent,'','','https://upload.jianshu.io/collections/images/2007740/b3302de8044e5e71e9154588b34ef6b8.jpeg', '推薦專題《宏基因組分析》（ 分享自 @簡書 ）','http://www.itdecent.cn/c/13e107a7ca26?utm_campaign=maleskine&utm_content=collection&utm_medium=reader_share&utm_source=weibo','頁面編碼gb2312|utf-8默認(rèn)gb2312'));){kind=link}