單細(xì)胞分析不可避免的會涉及到鑒定不同細(xì)胞類型的功能或比較相同類型在不同狀態(tài)下的功能差異，因此，功能分析在單細(xì)胞分析中相當(dāng)重要. 功能分析的方法很...
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單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組功能分析（超詳細(xì)clusterProfiler,GSEA,GSVA分析） -
單細(xì)胞問題匯總入門必讀：http://www.itdecent.cn/p/85e2e38df673 Q1:有的群2個或者3個不同細(xì)胞類型marker高表達(dá)，...
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提取Seurat數(shù)據(jù)做GSEA（Linux版）在Linux上跑GSEA只是工程需要，在Windows上不能批量的跑；在單細(xì)胞數(shù)據(jù)上跑GSEA那是客戶的需要。有需要就需要被滿足，我們今天介紹一...
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Cell Ranger 5.0系列之一——Cell Ranger 5.0 官方更新說明筆記
2020.11.19 Cell Ranger更新到了5.0版本。官網(wǎng)的更新說明包括以下三個部分： 一、關(guān)于基因表達(dá)和Feature Barcod...
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生信星球小練習(xí)—批量讀取10X數(shù)據(jù)劉小澤寫于2020.8.13主要分為兩個部分：前面用linux處理，后面用R處理 下載數(shù)據(jù) 選用的10X測試數(shù)據(jù)是：https://www.nc...
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擬時序分析簡要內(nèi)容--擬時序分析的定義--結(jié)果解讀--------做出結(jié)果（cluster、state）--------確定起始點--------做sta...
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cellranger實戰(zhàn)2：非正常數(shù)據(jù)之僅有bam文件我所理解的cellranger軟件理想原始輸入數(shù)據(jù)就是SRA格式，然后利用sra-tools分為read、barcode+UMI、index三個...
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單細(xì)胞軌跡（擬時間）分析軟件方法選擇指導(dǎo)原則作者：seqyuan鏈接：單細(xì)胞軌跡分析知多少--擬時間分析比較來源：微信公眾號著作權(quán)歸作者所有，任何形式的轉(zhuǎn)載都請聯(lián)系作者。 單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組、蛋...
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【單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組】TooManyCells識別并可視化單細(xì)胞進(jìn)化枝簡介： https://www.nature.com/articles/s41592-020-0748-5 https://www.biorxi...
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10X bam文件按barcode分割
最近遇到一個需求是將10X單細(xì)胞測序數(shù)據(jù)按照barcode分割，一般分割文件我們首先想到bamtools split,具體用法可以參考之前記錄過...
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