寫在前面 近期抽空基于OrthoVenn2給SapBase新增了一個(gè)比較基因組方面的模塊。OrthoVenn2可對(duì)多物種全基因組直系同源基因簇比...
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Orthovenn2，搭建屬于你的比較基因組學(xué)利器 -
群體選擇信號(hào)分析群體進(jìn)化與選擇信號(hào)：●生活在世界不同區(qū)域的生物群體在歷史長(zhǎng)河中經(jīng)歷千萬(wàn)年的自然選擇、人工馴化、遷徙、遺傳漂變等事件的洗禮，有的物種滅絕，有的物種...
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GFF文件和基因組文件提取mRNA,cds,protein序列首先是用gffread提取cds序列,蛋白序列,轉(zhuǎn)錄本序列 接下來(lái)我們利用組合工具來(lái)提取mRNA,和gene序列 注意用bedtools提取序列...
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phASER 計(jì)算等位基因表達(dá)
等位基因的特定表達(dá)（allelespecificexpression，ASE）數(shù)據(jù)是后續(xù)分多分析的基礎(chǔ)。利用它可以識(shí)別印記基因、研究蛋白截?cái)嘧?..
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用TBtools，快速高效實(shí)現(xiàn)基因組共線性分析與可視化， 贊！寫在前面 對(duì)于沒(méi)有做過(guò)共線性分析的小伙伴，可以通過(guò)以下幾段內(nèi)容，了解一下，我為什么要費(fèi)勁巴拉畫出這樣一張圖。 除了基因組成的相似性,在不同基因組...
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計(jì)算bam文件中比對(duì)上基因組的reads以及合并多個(gè)bam文件
參考文章：1.如何統(tǒng)計(jì)BAM文件中的reads數(shù)2.Samtools常用命令的總結(jié) 當(dāng)你有很多個(gè)bam文件時(shí)，想知道這些bam文件里有多少個(gè)比對(duì)...
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GATK4測(cè)試學(xué)習(xí)
Getting-started-with-GATK4 GATK代表GenomeAnalysisToolkit。 它是用于分析高通量測(cè)序數(shù)據(jù)的命令...
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gatk4使用總結(jié)
昨天看了gatk的官網(wǎng)，從2018年發(fā)布正式版的4.0.0開(kāi)始，到現(xiàn)在已經(jīng)更新到4.1.8，在速度和準(zhǔn)確度上都有了大幅的提升。gatk4除了整合...
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Samtools reheader
Usage 實(shí)操流程
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2021-05-07沒(méi)有bam文件沒(méi)有RG
問(wèn)題起因：在用gatk進(jìn)行HaplotypeCaller時(shí)，報(bào)錯(cuò) 原因是在用hisat2或者bwa比對(duì)是沒(méi)有添加RG；hisat2（參數(shù)為--r...
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