前言 很多關(guān)注我這個專題的朋友都在后臺留言，說想了解更多關(guān)于SNP過濾的東西。是的，確實(shí)這是一個比較重要的問題。第一，過濾到一些低質(zhì)量的SNP可...
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收錄了5篇文章 · 16人關(guān)注
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關(guān)于SNP的過濾（1）：如何使用vcftools進(jìn)行SNP過濾
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WGS全基因組分析||VCFTOOLS使用
寫在前面：當(dāng)學(xué)習(xí)某一重要文件格式時(shí)，更需要對此格式對應(yīng)軟件工具進(jìn)行全面的學(xué)習(xí)（如sam/bam——samtools）。在多次花時(shí)間寫腳本處理文件...
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群體進(jìn)化-GWAS分析
群體進(jìn)化-gwas分析 群體進(jìn)化基礎(chǔ)分析 PCA 分析原理PCA(Principal Component Analysis)，即主成分分...
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VCF格式的學(xué)習(xí)及對VCF文件的統(tǒng)計(jì)
部分摘自# VincentLuo91的博客 Part 1 VCF格式的學(xué)習(xí) 1.什么是vcf？VCF是用于描述SNP，INDEL和SV結(jié)果的文本...
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連鎖不平衡（LD）分析。在群體遺傳學(xué)研究中，LD連鎖不平衡分析是非常常見的內(nèi)容，同時(shí)也是關(guān)聯(lián)分析的基礎(chǔ)。在很多的遺傳進(jìn)化GWAS的文章中都會出現(xiàn)LD衰減或者block單...
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